Der Magdalensee ist ein 14 ha großer See der sich im Gemeindegebiet der Stadt Villach befindet. Seine theoretische Wassererneuerungszeit beträgt 3,6 Monate. Da er nur durch Grundwasser gespeist wird, ist sein Einzugsgebiet nur 0,6 km² groß, seine maximale Tiefe beträgt 5,2 m.
Am Ufer des Sees befindet sich der Villacher Ortsteil St. Magdalen.
Der Ausfluss des Magdalenensees schlängelt sich durch die Felder und mündet südlich am Radweg in den Seebach. Bei der Einmündung in den Seebach stand vor einigen Jahren eine Pumpanlage, welches das Seewasser als Kühlwasser in das damalige Zellstoffwerk pumpte.