Belprahon se situe dans le Cornet (également appelé Grand Val), à 2 km à vol d'oiseau à l’est-nord-est de Moutier. Il s'étale dans la pente sud du Raimeux, du cours de la Raus (542 mètres d'altitude), au sommet de la montagne (1'265 mètres d'altitude).
Le village se concentre sur le flanc du Raimeux, au Nord. Le nom du village de «Bé» vient d'une abréviation latine de «bedum» ou de "bed" qui signifie ruisseau et de «prahon» ou «pravon» en patois du terme latin «profondum», soit en français profond.
La traduction littérale est donc «ruisseau profond». Le cours d'eau, aujourd'hui canalisé, existe toujours et les diverses constructions du Centre ancien suivent fidèlement son lit.
L'histoire du village est intimement liée à celle de Moutier puisque sous l'Ancien Régime, le village est nommé comme courtine de l'Abbaye de Moutier-Grandval et jusqu'en 1798, la commune fait partie de l'Ancien Evêché de Bâle. La localité rejoindra le canton de Berne en 1815 suite à la signature du Traité de Vienne.
Le patrimoine architectural est composé d'une douzaine de fermes dont l'0rientation est généralement parallèle au versant de la montagne, de quelques greniers et de fontaines qui soulignent le caractère rural du lieu. La maison communale, rénovée en 1985, date du 17e siècle, constitue un bel objet dont les habitants sont fiers.