Fauna do PNAC e vasta e devido à existência de grutas e outras cavidades rochosas, não se estranhe a existência de várias espécies de morcegos, como: Morcego-de-peluche; Morcego-lanudo e Morcego-de-ferradura-mediterrânico. As fezes e outros detritos dos morcegos criaram as condições para a existência de outros seres vivos cavernículos como: crustáceos, aracnídeos escaravelhos e vermes. A aranha cavernícola Nesticus-lusitanicus só existe mesmo neste parque. Além dos morcegos, existem vários mamíferos no parque, como: geneta, raposa, javali, texugo, sacarrabos, gato bravo, coelho bravo e ainda o corço em algumas áreas..