Los espacios naturales del término municipal de Moguer suponen más del 61 % del territorio. De las 12.462,2 hectáreas de los montes públicos del término municipal de Moguer: 3.590,3 hectáreas están incluidas dentro del Parque Nacional de Doñana, y las 8.871,81 hectáreas restantes constituyen el monte público de titularidad municipal, gran parte de ellas con figura de protección L.I.C.(Lugares de Importancia Comunitaria).
Los espacios con figuras de protección incluidas en la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía son:
Parque Nacional y Natural de Doñana
Presenta diferentes ecosistemas litorales: dunas, masas forestales, lagunas y zonas de marisma. En ellos se pueden observar más de 300 especies diferentes de aves, al ser lugar de paso, cría e invernada para miles de ellas (acuáticas y terrestres) europeas y africana . Son 3590,3 ha. del término municipal de Moguer las que pertenecen a este espacio natural. Se considera la mayor reserva ecológica de Europa y fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1994. El parque recibe anualmente más de 300.000 visitas.
No entraremos en detalles de tan famoso Parque Nacional porque no terminaríamos nunca de nombrar todo lo que es y la importancia que tiene.
Fauna: En el parque se encuentran catalogadas 20 especies de peces de agua dulce, 10 de anfibios, 13 de reptiles, 37 de mamíferos no marinos y 360 aves, de las que 127 se reproducen habitualmente en el Parque. Cabe destacar entre los mamífero el Lince Ibérico, los caballos marimeños y los caballos de la retuerta (raza de caballos más antigua de España y Europa). Todos en peligro de extinción.
Flora: La cantidad de flora en el parque es inmensa Hay muchas especies de: árboles, como el pino; flores, como la rosa; y arbustos. Son de especial interés especies como Vulpia fontquerana, Linaria tursica, el enebro marítimo (Juniperus macrocarpa), Micropyropsis tuberosa, Hydrocharis morsus ranae o Thorella verticillatinundata, muchas de ellas amenazadas.
Cabe destacar la flora de las dunas móviles. La dureza de este ecosistema se hace patente en la necesidad de algunas especies vegetales para adaptarse a condiciones muy especiales: las dunas de arena y su suelo inconsistente. Este ecosistema de dunas móviles, también conocido como Trenes de dunas es casi inexistente en otros lugares de la península ibérica siendo consecuencia del fuerte viento del suroeste. El enterramiento de la vegetación, y sobre todo de árboles que luego emergen muertos, a cargo de los lentos movimientos de arena es uno de los más conocidos fenómenos de la zona de playa del parque.
Paraje Natural Laguna de la Madre y Palos
Situado en los términos municipales de Moguer y Palos de la Frontera con una superficie de 693 hectáreas. El paraje está formado por cuatro lagunas, de aguas dulces, denominadas: La Primera de Palos, La Jara, La Mujer y Las Madres. En ella podemos encontrar una amplia variedad de especies animales (y vegetales), como por ejemplo: garcilla cangrejera, garcilla bueyera, avetoro, pato cuchara, pato colorado, ánade real, garza real, garza imperial, porrón moñudo, espátula, zampullín, cormorán, calamón, focha común, así como otras más escasas y difíciles de ver: nutria, malvasía y focha cornuda.
Paraje Natural Estero de Domingo Rubio
Situado en los términos municipales de Moguer y Palos de la Frontera con una superficie de 480 hectáreas. Fue declarado Paraje natural el 18 de julio de 1989.
Es un humedal de elevado valor ambiental que forma parte del conjunto de marismas y esteros del litoral atlántico andaluz, uno de los más importantes complejos palustres litorales de la Península. Sus aguas nutren a una importante comunidad de seres vivos que residen en la zona y, además, suponen un lugar de acogida para las aves que visitan el cercano Parque Nacional/Natural de Doñana.
Se extiende junto a las desembocaduras de los ríos Tinto y Odiel, alimentándose de las aguas provenientes del Océano Atlántico, de la confluencia de diversos arroyos, como los de Juana Ruiz, del Príncipe o de Juan Delgado, y de las escorrentías y aguas que recepciona directamente por precipitaciones. Por estas razones, las condiciones ambientales del estero varían según la influencia de las mareas; así, se distinguen tres tramos diferentes: la zona de marisma, el tramo medio y el tramo alto o lacustre.
En el tramo alto del estero, más alejado de la desembocadura la vegetación más característica está representada por pinares de piñonero. La vegetación palustre dominante en este tramo alto está esencialmente constituida por espadañales y carrizales. En la zona de marisma predomina la vegetación adaptada a elevadas concentraciones de sal, como la espartina.
En materia animal sustenta una rica y variada avifauna, contribuyendo a diversificar, junto con el resto de humedales litorales onubenses, los hábitats que sirven de refugio a numerosos contingentes de aves en sus trayectos migratorios, hecho que le ha valido la declaración como Zona de Especial Protección para las Aves. Entre el tramo medio y alto destaca la elegante garceta común, que mueve los dedos de sus amarillos pies bajo el agua mimetizando la forma y el movimiento de gusanos, lo que provoca la atracción de pequeños peces. Cuando estos se acercan, son atrapados con su largo pico. Aquí, la tupida vegetación proporciona un lugar idóneo para que muchas de estas aves aniden, como el llamativo calamón o el discreto avetorillo.
En la zona de marisma son habituales las aves limícolas como el pequeño correlimos, que se alimenta de diminutos seres vivos que se desarrollan entre las finas partículas de los limos.
La riqueza natural del paraje se complementa con una interesante oferta cultural, como así pone de relieve la presencia del Monasterio de la Rábida, donde se fraguó la primera expedición de Cristóbal Colón al continente americano; o el Muelle de la Rábida, donde se encuentran las réplicas de las embarcaciones. En este complejo se puede visitar el Parque Botánico José Celestino Mutis o dar un agradable paseo por el Muelle de la Reina.
Lugares de importancia Comunitaria:
Son las zonas designadas de interés comunitario Europeo (L.I.C.), integradas en la Red Natura 2000:
- Dehesa del Estero Domingo Rubio y corredor hasta el Parque Natural de Doñana: Pinar de dehesa y cabecera del Paraje Natural Estero Domingo Rubio con protección L.I.C. Tiene una superficie de 3.625,75 héctareas. Entre la flora destacamos pino piñonero, matorral de jaras, lentisco, palmitos, jaguarzos, etc. Entre la fauna jabalíes, nutrias, garzas reales e imperiales, patos cuchara, garcilla bueyera, camaleón, etc.
- Marismas y Riberas del Río Tinto: Zona de protección L.I.C. del Río Tinto. Tiene una superficie de 823,32 héctareas.
- Playas de Mazagón: Conjunto de playas y barrancos arenosos que constituyen un territorio virgen. Una parte de ellas se encuentra protegida como espacio L.I.C. En ellas se encuentra el casco urbano de Mazagón.
