El actual templo de Tresabuela se construyó sobre la iglesia primigenia dedicada a los Santos Mártires Facundo y Primitivo a expensas de la familia Rábago, en concreto, por orden del Padre Francisco de Rábago. El Padre Rábago fue confesor de Fernando VI y reconocido promotor del nombramiento de Santander como ciudad y la delimitación de Cantabria como diócesis con obispado propio.
La iglesia fue reconstruida a principios del siglo XVIII, adquiriendo las características propias del barroco montañés que se observan en su estructura y su decoración. Además, en esa reforma fue incorporada y comunicada con la casa-palacio de la familia Rábago por una capilla particular, situada en el lado del Evangelio.