Klasicistinio stiliaus bažnyčia pastatyta 1791 m. Manoma, kad šios bažnyčios autorius yra Laurynas Stuoka-Gucevičius, suprojektavęs ir Vilniaus arkikatedrą baziliką. Pagrindine miestelio dominante ji tapo tik XX a. 4-ojo dešimtmečio viduryje, pagal architekto Karolio Reisono projektą pristačius du bokštus. Kairėje esantis vienuolyno pastatas savo pagrindinę funkciją atliko neilgai: iki 1831 m. jis priklausė vienuoliams, o po nepavykusio sukilimo, caro valdžios buvo nusavintas karo reikmėms. Čia veikė karo ligoninė, bataliono štabas, tarpukariu įsikūrė progimnazija.
Bažnyčios rūsyje esančioje kriptoje prasideda Jonavos miesto istorija. Čia ilsisi didikų Kosakovskių palaikai: miesto įkūrėjos Marijonos Zabielaitės-Kosakovskienės, Napoleono adjutanto, Prancūzų armijos generolo Juozapo Antano Kosakovskio, vyskupo, bažnyčios fundatoriaus Juozapo Kazimiero Kosakovskio, paskutiniojo Abiejų Tautų Respublikos etmono Simono Kosakovskio.
Neryje ties bažnyčia yra žvejų pamėgta patvanka.
