Na južnom dijelu Plasa, istočno od Rečica, od davnina je postojala crkvica odnosno kapela sv. Nikole (Mikule). Prvi se puta u starim spisima spominje u srednjem vijeku – u 14. stoljeću. 1429. godine je zabilježeno kako je tada bila na zemljištu koje je pripadalo riječkom augustinskom samostanu. U blizini kapele, tamo gdje će koje stoljeće kasnije bili pogoni tvornice Torpeda na Rečicama, postojalo je brodogradilište Bratovštine sv. Nikole. Škver je 1689. godine bio premješten na Fiumaru, a brašćina mornara i kalafata (brodograditelja) imala je otada svoje sjedište u crkvi sv. Barbare u Starom gradu. Stara kapela sv. Nikole na Krnjevu srušena je 1787. ili 1788. godine.
Stoljeće i pol kasnije, dekretom administratora riječke biskupije, kasnijeg riječkog biskupa mons. Izidora Šajna, na blagdan Gospe Karmelske 16. srpnja 1923. godine izvršena je razdioba starodrevne, i do tada jedine, župe Uznesenja Marijina u Rijeci na četiri nove župe. Jedna od njih bila je župa sv. Nikole koja će obuhvatiti široki predio zapadnog dijela riječke periferije koje su činile gradske četvrti Turnića, Krnjeva i Kantride te područja sv. Marije od Milosti na Škurinjama, Pehlina (Plase) i Kostabele. Tadašnjoj župi sv. Nikole za služenje mise je određena kapela koja je mogla primiti čak 500 vjernika a koja se nalazila u sklopu zgrade na današnjoj adresi Giuseppe Carabino 6 na Turniću, unutar koje je bio smješten župni ured i stan župnika. Ušavši u crkveni posjed, zgrada već 1928. postaje vlasništvom župe sv. Nikole i od tada se isključivo koristi u pastoralne svrhe. Zgrada je, inače, izgrađena još za vrijeme mađarske uprave i prvobitno je služila kao mađarski vrtić, da bi nakon Drugog svjetskog rata, odnosno nakon nacionalizacije provedene 1959. godine postala Dom za odrasle (koju funkciju vrši i danas). Budući da je ova lokacija crkve bila privremenog karaktera, izgradnja potpuno nove župne crkve postaje neizbježna.
Sadašnja crkva sv. Nikole izrastala je u doba talijanske uprave Rijekom na mjestu predviđenom za gradnju svjetionika, ali nakon što se od toga odustalo teren je besplatno ustupljen župi. Ondje je trebala biti, prema zamisli mletačkog arhitekta Francesca Gusse, podignuta dojmljiva neoromanička građevina, ali zbog besparice i izbijanja Drugog svjetskog rata, crkva je dobila znatno skromniji izgled. Prikupljanje novca za gradnju crkve počelo je u veljači 1939. godine, a 10. prosinca 1940. riječki biskup Ugo Camozzo je blagoslovio teren. U međuvremenu, 12. rujna 1939. godine, razdiobom je iz nadležnosti župe sv. Nikole izdvojen jugozapadni dio njena teritorija na kojem je osnovana nova župa sv. Antuna Padovanskog. Nedovršena crkva sv. Nikole je otvorena za bogoslužje 29. ožujka 1942. Dvije godine kasnije, tijekom napada anglo-američkih zrakoplova koji su zasipali bombama obližnja riječka industrijska postrojenja, znatno je stradala.
Poslije Drugog svjetskog rata crkva je preuređivana od 1954. do 1956. godine. Tada je zatvoren vanjski i otvoren novi unutarnji ulaz na pjevalište. Nakon Drugog vatikanskog sabora postavljen je i kip sv. Nikole biskupa, zaštitnika župe. Konačni općeprepoznatljivi izvanjski sakralni izgled crkva dobiva 2000. godine kada je podignut zvonik.