A Botanikus Kert létrejötte szorosan összefügg a magyar erdészeti felsőoktatás történetével. A Bányászati és Erdészeti Főiskola 1918-ig Selmecbányán üzemelt, ahol 1837 óta működött botanikus (dendrológiai) kert, mely elsősorban az erdészeti szakoktatást hivatott segíteni, kiegészíteni. Természetes volt, hogy az 1922-ben végleges helyére került egyetemnek is rendelkeznie kell hasonlóval. A „birtokba vett” katonai főreáliskola gyakorlótere, valamint környező területei erre kitűnő lehetőséget nyújtottak
A mai botanikus kert területén 1897 előtt szántóföldek, gyümölcsösök és zöldségeskertek voltak. A területet a katonai reáliskola építésekor a korabeli kastélyparkok mintájára fásították be; ezekből az időkből származnak a mai kert vadgesztenyéi, öregebb hársai, tölgyei, az idős bükkök, fekete- és duglaszfenyők, platánok, selyemfenyők. A fontosabb fajokat már annak idején is szemléltető névtáblákkal látták el
Az iskola parkjának tudományos, botanikai célokra való átalakítása a Növénytani tanszék irányítása alatt történt KÖVESSI FERENC tanár vezetésével. A munkálatok az 1922 őszi és téli előkészületek után 1923 tavaszán elkezdődött, WETTSTEIN rendszere alapján. 1924 júniusától kapcsolódott a munkába a botanikus kert vezetőjeként KISS VILMOS LAJOS kertészeti főintéző, aki 1953-ig volt a Botanikus Kert vezetője, és a munkák irányítója.
A kert kialakításához használt szaporítóanyag részben Selmecbányáról származott, de folyamatosan gyűjtötték a fajokat Magyarország és Európa erdős területeiről. A 40-es évek közepén beindult a magcsere program, melynek keretén belül jelentős támogatás érkezett az akkori szovjet, japán, amerikai, svéd, német, norvég botanikus kertektől, ezzel nagyot lendítve a Botanikus Kert növényanyagán
A kedvező mikroklímát kihasználva, már induláskor a tűlevelűek telepítését részesítették előnyben, így mára egy értékes, Magyarországon egyedülálló gyűjteményt sikerült létesíteni.
Az 1940-es évek elején építettek 4 üvegházat, melyből egy kísérleti üvegházként szolgált. Sajnos a második világháború bombái komoly károkat okoztak a kertben, a növényzet egy része odaveszett, és az üvegházak megrongálódtak. A kert eredményes és átfogó újjáépítése azonban csak 1948 tavaszán indulhatott meg, amikor a közoktatásügyi minisztérium rendkívüli támogatást nyújtott az újjáépítés céljaira.
A Botanikus Kert igazgatója 1953-tól TUSKÓ FERENC docens lett. Munkatársaival VANCSURA RUDOLF és SZY FERENC főiskolai tanársegédekkel hozzálátott a botanikus kert továbbfejlesztéséhez. A kertet dendrológiai gyűjteménnyé kívánták fejleszteni, így elsősorban a fás növények gyarapítását szorgalmazták. Ezen belül is a kert éghajlati adottságainak megfelelően egy mind teljesebb Conifera-gyűjtemény létesítésére törekedtek. A földrajzi csoportok szerinti telepítést kezdték el következetesen alkalmazni, szem előtt tartva a telepítések esztétikai hatását is. Újjászervezték az alpinétumokat is: a több, apróbb sziklakertet felszámolva, 2-3 nagyobbat építettek a kémiai épület (C) előtti parcellában (ma 1-2-es).
1956 őszének eseményei komoly hatással voltak a Botanikus Kertre is: a külföldre távozó oktatók között volt a botanikus kert ügyeit irányító szellemi dolgozók egy része is, közöttük Tuskó Ferenccel. Az itthon maradt munkatársak és fizikai dolgozók helytállásának köszönhető, hogy a főiskola botanikus kertjének növényállományában 1956 őszén nem következett be különösebb kár. Azonban a személyi veszteségek hosszú évekre kihatottak a kert fejlődésére.
Az előző vezető hirtelen távozása után, 1956-tól a Kert ügyeinek intézését NEMKY ERNŐ tanszékvezető egyetemi tanár tanársegédei, VANCSURA RUDOLF és KISS LÁSZLÓ segítségével végzi. Ebben az időben a növényanyag gyarapítása mellett, elsősorban a kert karbantartására szorítkoznak a munkálatok.
1958-ban a Botanikus Kert közel 4 ha-ral gyarapodott a délnyugati oldalával szomszédos terület hozzácsatolásával. Az új területet 1959. évben vették birtokba, és 1960-ban a bekerítése és a védőállomány telepítése is megtörtént. 1959-60-ban megkezdődött, és 1961 őszén befejeződött egy kétszárnyú, kezelőhelyiséges, korszerű melegvíz-fűtéses, kutatási célokra is alkalmas, 470 m2 felületű üvegház építése.
1963-ban BARABITS ELEMÉR erdőmérnök személyében önálló, az oktatási teendőktől mentesített botanikus kerti vezetőt kapott a Növénytani Tanszék. Az új vezető érdeklődési körét az exóta fenyők, lombos örökzöldek és a Rhododendron nemzetség képezik. Foglalkozik ezen kívül Rhododendron, Azalea, Thuja, Chamaecyparis és Juniperus változatok tenyésztésével és maga is több, dekoratív jellegű fenyőfélét szelektált. Működése idején – érdeklődési területének megfelelően – a Botanikus Kert parkszerű átalakítását szorgalmazta. Elképzelése az volt, hogy a Botanikus Kert fáinak megritkításával és átültetésével nagy kiterjedésű gyepfelületeket alakít ki, a facsoportok alját pedig az esztétikai hatás fokozása céljából kevésbé kényes örökzöld cserjefajokkal telepíti be. Munkálkodása nyomán jelentős átalakulások mentek végbe a kert növényállományában. A kiültetett anyag 50%-át (2230 db) Laurocerasus, Mahónia és örökzöld Berberis-ek alkották. Ennek köszönhető, hogy a mai napig igen nagy tömegben fellelhetőek ezek a fajok a kertben. Az 1959-ben bekövetkezett területgyarapodást 1965-ben újabb követte. A már idecsatolt területtel összefüggő, a Honvéd út felé eső, a botanikus kerttel szorosan összefüggő kerteket, Sopron Város Tanácsa az Erdészeti és Faipari Egyetem kérésére kisajátította. Ezzel a kert területe 14,5 hektár lett.
1965-ben készült el a 750 m hosszú, 3,5 m széles kőburkolatú feltáró út, amelynek tervezését egyetemünk Szállítástani Tanszéke végezte. Ekkor betelepítették be a külső kertrész északnyugati szegélyét is szélvédelmi céllal, különböző hazai, erdőt alkotó fafajokból képezett csoportokkal.
1967 tavaszán a kert munkálatainak irányítását VANCSURA RUDOLF egyetemi docens vette át és a nyár folyamán elkészítette a külső, új botanikus kerti rész teljes részletességű telepítési tervét. Egyidejűleg NEMKY ERNŐ tanszékvezető a belső, régi kert jövőbeni fejlesztési és telepítési tervét állította össze.
1967-ben elkészült az összes sétaút (800 fm), és megkezdődött egy 400 m2 tófenéknek valamint a Panoráma úti részen egy nagyobb terjedelmű alpinétum kialakítása, ahová a Magyar Középhegység, a Kárpátok és az Alpok sziklagyepeinek növényzete került betelepítésre. Még 1967. év őszén megkezdődtek a külső kertben az Erdőmérnöki Kar által jóváhagyott tervek szerinti telepítések is. A nyugati részben (Deákkúti út felől) Eurázsia jelentősebb fa és cserjefajait telepítették a következő csoportosításban: 1. Japán mérsékeltövi flórája. 2. Korea, Mandzsúria, Amúr-vidék növényei. 3. Kelet-Szibéria fás növényei. 4. Kína lombhullató és tűlevelű erdeinek növényei. 5. Nyugat-Szibéria és Észak-Európa flórája. A keleti részben (Honvéd út felől) Észak-Amerika mérsékelt övének fa- és cserjefajaiból telepítettek különböző fajokat. Itt a következő csoportokat alakították ki: 1. Atlantikus flóraterület, 2. Pacifikus flóraterület. Ebben az időszakban is a fő növénybeszerzési forrást a nemzetközi magcsere jelentette. 1968-ban 9 hazai és 175 külföldi botanikus kerttel létezett csereviszony. A hazai faiskoláktól és botanikus kertektől is meglehetősen sok élő anyagot kapott, vásárolt, vagy cserélt a kert. Vancsura Rudolf 1969-es leköszönése után 1976-ig nem volt önálló vezetője a Botanikus Kertnek.
1976-tól a Botanikus Kert irányítását KOCSÓ MIHÁLY vette át. Munkáját a Tornacsarnok felépítése után, 1976-ban, a visszakapott terület (19 sz. parcella) betelepítésével, a volt teniszpálya parkosításával, (8. sz. parcella), és a melegkedvelő tölgyesek termőhely-jelző gyűjteményeinek felújításával kezdte. 1977-ben bővül a Botanikus Kert a Kollégium udvarának területével, így a terület 17,2 hektárra nőtt.
1978-ban az Országos Környezet- és Természetvédelmi Hivatal Elnöke országos jelentőségű védett területté nyilvánította a Botanikus Kertet. Így a Vácrátóti Akadémiai Botanikus Kert (29 ha), és az Eötvös Lóránt Tudományegyetem Füvészkertje (3,2 ha) mellett a Soproni Egyetemi Botanikus Kert (17,2 ha) is országos védettséget érdemelt ki.
A 80-as évek elején elkezdődött a régi üvegházak mellvédig való lebontása, valamint az új üvegházak szerkezetének elkészítése, majd szerelése. Az üvegházak teljes – az egzakt üzemelési feltételeket biztosító – automatizálása elmaradt.
A Botanikus Kertek Világkonferenciájának határozata alapján 1985-ben megkezdődött a növénynyilvántartások számítógépre vitele. 1997-ben a Földmérési és Távérzékelési Tanszékkel közreműködve megkezdődött a Botanikus Kert térinformatikai rendszerének kidolgozása, mely napjainkban is tart. 18 év kitartó munkájának eredményeképpen, 2003-ban a kertet Központi Törzsültetvénnyé nyilvánították.
2009-ben a Botanikus Kert előkészített és benyújtott egy, az egész kertre kiterjedő rekonstrukciós KEOP pályázatot, melyet 2010-ben el is nyert.
Kocsó Mihály nyugdíjba vonulásával, 2010-től a Botanikus Kert vezetését EZERNÉ LÓTH ANNAMÁRIA vette át. Az ő feladata lett a pályázat kivitelezésének megvalósítása: a gyertyános tölgyes, melegkedvelő tölgyes és bükkös termőhely rehabilitációja, a sziklagyepek felújítása és fejlesztése, a védett és veszélyeztetett növények megőrzése, az inváziós és pionír növények visszaszorítása, a madárodúk, madáritatók, madáretetők cseréje, felújítása, az örökzöld növényállományok ifjítása, kezelése, az elő- és védőállománytól való felszabadítása, pótlása, az üvegház teljes körű felújítása, valamint a tó rekonstrukciója. A pályázat 2012 őszén sikeresen zárult, így jelenleg a Botanikus Kert felújított arculata látható.