První ročník Jizerské 50 se jel v roce 1968 V počátcích se jednalo o oddílový závod TJ Lokomotiva
Liberec a součást horolezecké přípravy některých členů oddílu.
Dalším důležitým bodem byl pro Jizerskou 50 rok 1970, kdy se závodu zúčastnilo všech 14 členů Expedice Peru '70, kteří zahynuli pod kamennou lavinou na Huaskaránu dne 31. května 1970 Od té doby nese závod přídomek Memoriál Expedice Peru 70. Vzpomínka na horolezce je od té doby nedílnou součástí slavnostního zahájení Jizerské 50.
Závod v sedmdesátých letech získával na popularitě a desátého ročníku se v roce 1978 zúčastnilo přibližně 7800 závodníků.
Od roku 1999 je závod zařazen do světové ligy dálkových běhů Worldlopped a účastní se ho závodníci z české i světové špičky, ale i různé známé osobnosti. Od roku 2008 je Jizerská 50 součástí českého seriálu Ski Tour Od roku 2011 je také součástí seriálu Ski Classic
V posledních letech došlo také ke vzniku několika doprovodných závodů (kromě 50 km klasicky se jede ještě 25 km klasicky, 30 km volnou technikou a kratší vzdálenosti pro děti) a několikrát se jela také letní varianta závodu na horských kolech , Cyklo Jizerská 50.
V lednu roku 2013 se na druhém místě za vítězným Norem Anndersem Auklandem umístil český závodník Lukáš Bauer.
Ročník 2014 byl zahájen na podzim 2013 spuštěním přihlášek. Společnost ČEZ, sponzor akce, oznámila zaplnění stanovených kvót (počet přihlášek) už za sto dní. Pro nedostatek sněhu byl však závod v lednu 2014 popáté v historii zrušen.
.
