Pirmaisiais okupacijos metais partizanai apsistodavo miško stovyklose ar pas ūkininkus. Vėliau, po didelių NKVD kariuomenės siautimų ir kautynių, jie pradėjo rengtis gerai užmaskuotas slėptuves. Lietuvos laisvės armijos štabas buvo apie tai išleidęs įvairių instrukcijų. Patogiausia slėptuvę būdavę įsirengti pas kaimo gyventojus: čia visada galima gauti šilto maisto, be to, šeimininkai stebi apylinkę ir laiku praneša apie pavojų. Tačiau slėptuvę aptikus, nukentėdavo ir šeimininkai: būdavo suimami, namas per susišaudymą uždegamas, šeima ištremiama. Todėl nenorėdami savo geradariams užtraukti nelaimės, partizanai bunkerius dažnai rengdavo miškuose ir laukuose.
Pradžioje bunkeriai buvo mažiukai, skirti laikinam prieglobsčiui, į juos reikėdavo šliaužte įšliaužti. Kartais tokia slėptuvė priminė kapo duobę. Štai Tauro apygardos partizanui Povilui Pečiulaičiui, netikėtai prasidėjus MGB kariuomenės siautimams, teko slėptis ariamame lauke. Jis atsiguldavo į išraustą duobę, o šeimininkas, uždengęs lentomis ir užbėręs žemės, paviršių apakėdavo. Tokioje duobėje tekdavo išgulėti visą dieną, tik nakčiai būdavo galima išlįsti.Nuolatinės slėptuvės, kuriose partizanai gyvendavo ištisus mėnesius, žiemodavo, buvo tobulesnės. Tokia slėptuvė galėjo būti įrengta rūsyje, po krosnimi, tarp dviejų namo sienų, tvartuose, šuliniuose, šieno prėsluose ir kitur. Miškuose partizanai išsikasdavo didelius bunkerius, kuriuose būdavo gultai, stalelis darbui, ventiliacijos angos, kartais net krosnelė.
Ir vis dėlto gyvenimo sąlygos bunkeriuose būdavo labai sunkios: pro lubas ir sienas sunkdavosi vanduo, nuolat trūkdavo oro, tvyrodavo drėgmės ir puvėsių tvaikas. „Naujoje slėptuvėje blogiausiai jautėmės pirmosiomis dienomis. Kūnu ir kvėpavimu reikėjo ją pradžiovinti ir apšildyti. Ir vis dėlto po keleto dienų slėptuvėje dirbti buvo įmanoma”, – rašė partizanų vadas Adolfas Ramanauskas. Landos į slėptuvę būdavo kuo išradingiau užmaskuojamos ir atidaromos tik naktį. Per dieną partizanai būdavo tartum gyvi palaidoti, įtemptai klausydavosi žemės gilumoje atsiduodančių žingsnių garso. Išdavus slėptuvę ir ją apsupus, išsiveržti praktiškai nebebūdavo jokios galimybės. Žiemą užsnigus, nenorėdami palikti pėdsakų, partizanai mėnesiais neišeidavo iš požemių. Tam jau iš rudens būdavo ruošiamasi ir pasirūpinama maisto atsargų, paskerdžiamas koks gyvulys, prisisūdoma mėsos. Valgį gamindavo ant spiritinės lempelės. Dažnai ilgomis savaitėmis gyvendavo pusbadžiu. Pavasarį partizanus lengva būdavo atpažinti iš išblyškusių, patinusių veidų – tai tvankaus požemio gyventojo žymės.
Partizanai labai ilgėdavosi paprasto kasdienio gyvenimo, kaimiškų darbų. Pavasarį su pavydu žiūrėdavo į laukuose triūsiančius žmones. Kartais naktį ateidavo į talką: suardavo dirvą, nušienaudavo pievą.
Nelengva būdavo ir apsirūpinti maistu bei drabužiais. Okupacijos pradžioje daugumą partizanų rėmė giminaičiai: atnešdavo maisto, išskalbdavo rūbus, iškūrendavo pirtį. Vėliau, daugelį rėmėjų ištrėmus, partizanams viskuo teko rūpintis patiems.
Pagal instrukcijas buvo numatyti keli apsirūpinimo būdai: turto konfiskavimas, rekvizicijos ir aukos. Turtą konfiskuodavo iš valstybinių ūkių ir įstaigų, iš mirtimi baudžiamų šnipų ir okupacinės valdžios pareigūnų. Gyventojų gyvulius, maistą rekvizuodavo tada, kai nebebūdavo kitos išeities: paimdavo palikdami pakvitavimą, kad bus atsilyginta atkūrus nepriklausomybę. Griežtai drausta imti nebūtinus daiktus ar prabangos dalykus. Gautas turtas būdavo kruopščiai suregistruojamas ir paskirstomas būriams, aukštesnei vadovybei bei nuo okupantų teroro nukentėjusiems asmenims (kaliniams, tremtiniams, jų šeimoms).
Sovietinis teismas ir propaganda kiekvieną partizanų išpuolį, kurio metu jie apsirūpindavo maistu ar pinigais, traktavo kaip plėšikavimą. O juk partizanai tokius išpuolius rengdavo prieš valstybines įstaigas ir sovchozus, į kuriuos būdavo suvežamas konfiskuotas ištremtųjų turtas ir gyvuliai. Žmonių turto nusavinimas, kurį vykdė valstybė, – nepakeliami mokesčiai ir pyliavos, žemės, sodybų nusavinimas, gyvulių, padargų atėmimas, suvarant į kolchozus, – plėšikavimu nebuvo laikoma. Okupantai stengėsi apjuodinti partizanus nenorėdami pripažinti, kad jiems, kaip ir kiekvienai kariuomenei, reikėjo gyventi ir kovoti.
Ne mažesnis partizanų rūpestis buvo vaistai ir gydytojai. Jie neturėjo ligoninių. Dažną sužeistąjį tekdavo perrišinėti ir slaugyti miške po atviru dangumi. Būdavo atvejų, kai vieną kitą sunkiau sužeistą partizaną pavykdavo įtaisyti. Negaudami beveik jokio atlyginimo už kolchoze išdirbtas dienas (1951 metais šis atlyginimas Lietuvoje vidutiniškai buvo tik 35 kapeikos ir 1,4 kg grūdų), žmonės norom nenorom turėjo vogti iš ūkio fermų ir laukų. Dar skaudžiau buvo matyti, kaip iš miestų atsiųsti komunistai pirmininkai, nemokėdami ir nenorėdami ūkininkauti, pavertė dirvonais derlius laukus, o kadaise žmonių puoselėti gyvulėliai pavasariop būdavo pakabinami ant virvių, nes iš bado nebeįstengdavo pastovėti.
Trėmimai ir kolchozų kūrimas žymėjo paskutiniojo, paties tragiškiausio laisvės kovų etapo pradžią.