Vėlyvojo baroko stiliaus architektūros paminklas
Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1586 m. Jai 1596 m. dovanoti Kielionių, Kvedariškių, Virkininkų kaimai, ežeras (kunigas privalėjo mokėti lietuviškai, įsteigti mokyklą).
1641 m. valdą padidino Jonas Alfonsas Lackis. Manoma, kad 1655 m. karo su Maskva metu bažnyčią sudegino Rusijos kariuomenė. 1663 m. nauja bažnyčia pastatyta iki stogo. Užbaigta 1674 m.
Parapijai 1744 m. priklausė 31 kaimas. 1770–1776 m. Stakliškių seniūnas Juozapas Teodoras Boufalas-Daraškevičius (lenk. Józef Teodor Bouffał-Doroszkiewicz), herbas Kościesza, pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią, konsekravo Vilniaus pavyskupis Tomas Zenkavičius.
1818 m. audra suardė bažnyčios stogą, apgriovė bokštus.
1828 m. bokštai dar buvo neatstatyti.
1871 m. į Stakliškes iš Pagramančio (Telšių vyskupija) atkeltas klebonas Vincas Butvydas (buvo įkliuvęs Motiejaus Valančiaus knygnešių byloje). Jis Stakliškėse klebonavo 29 metus, kėlė gyventojų tautinį sąmoningumą. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1925–1954 m. Stakliškėse klebonavo (vėliau altarista) Vladas Jezukevičius (1886–1956 m.), lietuvių atgimimo žadintojas, spaudos bendradarbis, palaidotas šventoriuje.
Yra vertingų objektų: vargonai, sakykla, XVII–XVIII a. dailės ir skulptūros kūriniai, liturginiai reikmenys, tarp kurių – paveikslas „Švč. Trejybė“ ir skulptūra „Nukryžiuotasis“.
Altoriaus, krikštyklos ir sakyklos formose įamžinti Boufalų šeimos herbų motyvai. Vienas iš trijų varpinės varpų nulietas 1631 m.
Šventorių juosia mūrinė tinkuota tvora.
Šalia bažnyčios XVIII a. buvo įrengta mūrinė koplytėlė, kurioje šiuo metu pastatyta skulptūra Lietuvos nepriklausomybės dešimtmečiui atminti.