XIX a. pabaigoje Kauno tvirtovės gynyba buvo stiprinama: 1890 m. miestas buvo apsuptas aštuoniais fortais ir devyniomis artilerijos baterijomis. Nuo 1924 m. fortas buvo naudojamas kaip Kauno miesto sunkiųjų darbų kalėjimas. SSRS okupacijos metais (1940–1941 m.) fortą laikinai naudojo NKVD, politiniams kaliniams laikyti juos vežant pakeliui į Sibiro gulago stovyklas.
Nacistinės Vokietijos okupacijos metu fortas buvo naudojamas kaip masinio žmonių naikinimo vieta – nuo 1941 m. spalio mėn. čia vykdytos žudynės. Didžiausios Kauno IX forto žudynės įvyko spalio 29 d. Prieš tai, spalio 28 d. Gestapas atrinko Kauno gete 10 tūkstančių žydų – atrinktos daugiavaikės šeimos, fiziškai silpni, ligoti, seni asmenys. Forte jie sušaudyti didžiuliuose grioviuose. Žudynės vyko visą dieną iki sutemos. Pagal vokiečių ataskaitą, nužudyta 2007 vyrai, 2920 moterų ir 4273 vaikai. Forte taip pat buvo žudomi ir Prancūzijos, Austrijos bei Vokietijos žydai. 1944 m., ateinant sovietinei armijai, vokiečiai likusius gyvus forto kalinius perkėlė į kitus lagerius. Nuo to laiko Devintasis fortas dar žinomas kaip „mirties fortas“.
Po Antrojo pasaulinio karo sovietinė valdžia dar kelerius metus fortą naudojo kaip kalėjimą. Nuo 1948 m. iki 1958 m. jį naudojo žemės ūkio organizacijos. 1958 m. 9-me forte pradėtas kurti muziejus. 1959 m. gegužės 30 d. atverta pirma ekspozicija, kuri buvo paruošta keturiose kamerose – apie hitlerininkų nusikaltimus, kuriuos jie vykdė visoje Lietuvoje. 1960 m. prasidėjo masinių žudynių tyrimai, tuo tikslu buvo renkami masinių žudynių eksponatai, kurie papildė muziejų. 2002 m. įrašytas į kultūros paminklų sąrašą.