An viele Kreuze knüpfen sich Sagen, die eine besondere Geschichte zu dem jeweiligen Exemplar erzählen. Ihr genaues Alter und der Wahrheitsgehalt sind jedoch oft nicht nachweisbar. Aus dem 13. bis 16. Jahrhundert stammen die ältesten steinernen Sühnekreuze, meist in einfacher Kreuzform ohne Text, allenfalls mit der Darstellung des Mordwerkzeugs oder eines Symbols, das auf den Beruf des Ermordeten hinweist. Nach mittelalterlichem Recht wurden sie in Erfüllung von Sühneverträgen zwischen verfeindeten Parteien aufgestellt, mit denen eine Blutfehde nach einem Mord oder Totschlag beendet werden sollte. Mit der Einführung der Constitutio Criminalis Carolina (Halsgerichtsordnung) durch Kaiser Karl V. 1533 wurden die privaten Sühneverträge von einer ordentlichen Gerichtsbarkeit abgelöst, wobei auch die Verpflichtung zur Errichtung von Sühnekreuzen entfiel.[4]
Zur Zeit der Gegenreformation ab dem 16. Jahrhundert wurde – besonders gefördert von den Jesuiten – die Präsenz der katholischen Kirche unter anderem auch durch Werke der Architektur in der Öffentlichkeit gestärkt. Es entstanden Bildstöcke und Wegkreuze, bei deren inhaltlicher Gestaltung jetzt auch die Marienverehrung zum Tragen kam.[5] Nach dem Dreißigjährigen Krieg erinnern Schwedenkreuze an die Belastungen durch die fremden Truppen; speziell in Österreich ordnete Kaiser Ferdinand III. 1650 die Errichtung von „Stainern oder andere Creutz und Bett Marter Säulen an denen Strassen Pässen und Wegschaiden“ aus Dankbarkeit über den Friedensschluss an. „Hussitenkreuze“ erinnern in ähnlicher Form an die Hussitenkriege in Böhmen und Teilen Österreichs. Jedoch ist davon auszugehen, dass im Volksmund als „Schwedenkreuz“ oder „Hussitenkreuz“ bezeichnete Flurkreuze nicht zuverlässig diesen historischen Ursprung haben.
Im Rheinland sind viele Kreuze während der französischen Besetzung (1794–1814) verloren gegangen, da dort im Zuge der Säkularisation Wegekreuze verboten waren. Nur wenige Kreuze konnten von der Bevölkerung versteckt werden und sind so ihrer Vernichtung entgangen.
An die zur Schlacht in Lothringen gehörende Schlacht bei Saarburg erinnert bis heute das sogenannte „Kreuz von Saarburg“, ein in Buhl-Lorraine stehendes Flurkreuz des 19. Jahrhunderts, an dem am 20. August 1914 das Kreuz von einer Granate weggeschossen wurde, die Christusfigur aber aufrecht stehen blieb. Es wurde daher zu einem beliebten Postkarten- und Fahnenmotiv.
Gegenwärtig werden Flurkreuze von der Denkmalpflege zu den Kleindenkmalen gezählt. Neben Verwitterung durch Wind und Wetter sind Flurkreuze auch durch gut gemeinte, aber nicht fachgerechte Restaurierungsversuche mit ungeeigneten Materialien gefährdet; Veränderungen der Landschaft, wie Straßenbau, Ausweisung von Baugebieten oder Flurbereinigungen, haben schon häufig zum Verlust von Flurkreuzen geführt. Der historische Standort eines Flurkreuzes ist meist mit einer besonderen Bedeutung verbunden, die verloren geht, wenn es an einen neuen Standort versetzt wird.