1727 m. Vilniaus kapitulos kanauninkas Kristupas Belozaras ir Bernatonių seniūnas Kristupas Domaskis su žmona Konstancija įkurdino pijorų vienuolius, dovanojo jiems Pauslavo dvarą su 6 kaimais ir įpareigojo įsteigti ir išlaikyti gimnaziją. 1727–1728 m. pastatyta medinė bažnyčia, vienuolynas ir mokykla. 1741 m. pijorai dar gavo Daumėnų dvarą su 6 kaimais; 1743 m. skirta daugiau žemių.
1790 m. bažnyčia, vienuolynas, mokykla ir ūkiniai trobesiai sudegė. Po gaisro pastatytas mūrinis vienaaukštis vienuolynas, 1803 m. – nauja bebokštė akmenų mūro bažnyčia. Iš pradžių ji aptarnavo tik vienuolyną ir mokyklą. Sudegus Upytės bažnyčiai, pijorai turėjo aptarnauti ir dalį Upytės parapijiečių, rašyti metrikus. Bažnyčia buvo per maža, todėl kapinėse pastatyta nedidelė medinė bažnytėlė (koplyčia), skirta vienuoliams ir jų mokiniams. Po 1831 m. sukilimo Rusijos administracija pijorų vienuolyną, bažnyčią ir gimnaziją uždarė. Buvo suimti keli kunigai. Vienuolyno žemės atiduotos stačiatikių parapijai, rūmai paimti kariuomenės reikalams, knygynas ir bažnytiniai reikmenys perduoti Ukmergės bažnyčiai. Atimtoji bažnyčia nenaudota, 1847 m. paversta cerkve. Miesto gyventojai naudojosi kapinių koplyčią, bet 1864 m. pijorų kapinės iš katalikų buvo atimtos, koplyčia uždaryta. 1872 m. koplyčia nugriauta, ant jos pamatų pastatyta cerkvelė. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai bažnyčioje buvo įrengę karo belaisvių stovyklą.
1918 m. bažnyčia grąžinta katalikams. Katalikai suremontavo (įrengė 3 altorius, pervežtus iš Klovainių, vargonus, nugriovė cerkvės bokštelius). Remonto ir įrengimo darbais daugiausia rūpinosi gimnazijos kapelionas kunigas Juozapas Ruškys. 1919 m. laikytos pirmosios katalikų pamaldos. Atnaujintoji bažnyčia daugiausia buvo skirta moksleiviams ir kariams. Kurį laiką pamaldos dar laikytos ir klebonijoje įrengtoje koplyčioje. 1927 m. Panevėžio vyskupas perdavė bažnyčią marijonams. Rektorius marijonas kunigas Jurgis Tilvytis išpuošė bažnyčios vidų. Bažnyčią konsekravo vyskupas Kazimieras Paltarokas. 1936 m. išdažytas vidus.
1944 m. bažnyčia gerokai sužalota. Po karo rektorius kunigas Stasys Mažeika bažnyčią suremontavo, sutvarkė altorius, pakabino daug paveikslų. Netrukus bažnyčią valdžia uždarė, vėliau naudota kaip parodų salė. Nuo 1989 m. vėl veikia.
1727 The canon of Vilnius captain Kristupas Belozaras and the elder of Bernatoniai Kristupas Domaskis and his wife Constance placed the monks of the priests, gave them the manor of Pauslav with 6 villages and obliged them to establish and maintain a gymnasium. 1727-1728 a wooden church, monastery and school were built. 1741 the piers still received Daumėnai mansion with 6 villages; 1743 for more lands.
1790 church, monastery, school and farmhouses burned down. After the fire there was built a brick one-storey monastery, in 1803. - New Towerless Stone Masonry Church. At first, it only served the monastery and the school. When Upytė Church burned down, the priests also had to serve part of Upytė parishioners and write metrics. The church was too small, so a small wooden church (chapel) was built in the cemetery for the monks and their disciples. After 1831. The Russian administration closed the pious monastery, church and gymnasium in the uprising. Several priests were arrested. The lands of the monastery were given to the Orthodox parish, the palace was taken over for military purposes, the bookstore and church supplies were handed over to the church of Ukmergė. Deprived Church Not Used, 1847 turned into a church. The townspeople used the cemetery chapel, but in 1864 it was used as a chapel. the cemetery of the piers was taken away from the Catholics and the chapel was closed. 1872 the chapel was demolished and the church was built on its foundation. During World War I, the Germans set up a prisoner of war camp in the church.
1918 the church returned to Catholics. Catholics repaired (erected 3 altars, transported from Klovainiai, organ, demolished the church turrets). Most of the repair and installation work was done by the chaplain of the gymnasium, priest Joseph Ruškys. 1919 the first Catholic services were held. The Renewed Church was mainly dedicated to students and soldiers. For some time the services were also held in the rectory chapel. 1927 Panevėžys bishop handed over the church to the Marians. Rector Marion Priest Jurgis Tilvytis decorated the interior of the church. The church was consecrated by Bishop Kazimieras Paltarok. 1936 painted interior.
1944 the church is seriously injured. After the war, Rector Priest Stasys Mazeika repaired the church, repaired the altars and hung many paintings. The church was soon closed by the government and later used as an exhibition hall. Since 1989 is running again.