Lønstrup kirke er opført i årene fra 1926 til 1928 efter tegninger af arkitekterne Valdemar Schmidt og Charles Jensen. Indvielsen fandt sted den 23. september 1928. Tårnet blev dog først rejst til sine fulde højde i 1939.
Den gamle romanske granitdøbefont blev ved indvielsen ført fra Mårup kirke til Lønstrup kirke. Dåbsfadet er fremstillet i Nürnberg omkring 1575. Motivet i bunden forestiller spejderne, der inden israelitternes indvandring i Kanaans lander vender tilbage fraderes regonoscering i Det forjættede Land.
Det bemalelde træskærerarbejder, der hænger på kirkerummets vestvæg, er midtergruppen fra en sengotisk altertavle fra o. 1520. Motivet benævnes "Anna Selvtredje". Det forestiller Jesus, hans mor, Maria, og hans mormor, Sankta Anna. Figurgruppen havde indtil1989 sin plads på alteret i Mårup kirke.
Maleriet på kirkens nordvæg over døbefonten stammer fra 16-1700-tallet. Kunstneren er ukendt. Det hang tidligere i Mårup kirke.
En tavle indmuret i tårnrummets nordvæg har på samme måde tidligere været placeret i Mårup kirke. Den blev i 1895 opsat af Det britiske Admiralitet til minde om de omkomne ved tre engelske krigsskibes forlis i begyndelsen af 1800-tallet, bl.a. "The Crescent".Mindetavlen henviser til, at mange af de omkomne ligger begravet på "denne kirkegård". Det er ikke Lønstrup kirkegård, der dermed henvises til, men kirkegården ved Mårup kirke .
Kortæppet er fremstillet af væveren Birgit Andersen, Ørum, i 1988. Det bærer som hovedmotiv billedet af en fisk, der på én gang er et gammel Kristussymbol og en henvisning til, at for dem, der rejste kirken i Lønstrup i 1920'erne, var fisk frem for nogetandet "det daglige brød". Fisken bliver således på dette sted en illustration af Jesu ord: Jeg er livets brød.
Kirkens orgel er oprindelig bygget med otte stemmer til Mølholm kirke af orgelbyggerfirmaet I. Starup & Søn i 1953. Men i 1979, da Lønstrup kirke overtog orglet, blev det udbygget til de nuværende 14 stemmer af orgelbygger Bruno Christensen & Sønner.