Die Herkunft Störtebekers ist, wenn es ihn tatsächlich gab, nicht bekannt. Es wird vermutet, dass er aus der Gegend von Rotenburg (Wümme)/Verden (Aller) stammte, anderen Meinungen zufolge stammt er aus Wismar. Im Liber proscriptorum, dem „Verfestungsbuch“ der Stadt Wismar, ist im Jahre 1380 ein Vorfall festgehalten, wonach zwei Wismarer Bürger aus der Stadt gewiesen wurden, weil sie einem anderen in einer Schlägerei verschiedene Knochenbrüche zugefügt hatten. Der Betroffene der Auseinandersetzung wird als „nicolao stortebeker“ bezeichnet. Es ist möglich, dass dieser Nikolaus Störtebekerspäter als Klaus Störtebeker in die Geschichte einging.
Nach späteren Legenden hat sich der Freibeuterkapitän den Namen Störtebeker (aus dem Niederdeutschen von „Stürz den Becher“) wegen seiner Trinkfestigkeit als Spitznamen verdient. So soll er einen 4-Liter-Humpen (einen ellenhohen Becher) Wein oder Bier in einem Zug leergetrunken haben. Allerdings besteht Grund dazu, diese Geschichte anzuzweifeln: Der Störtebeker-Pokal der Hamburger Schiffergesellschaft, worauf in der Sage verwiesen wird, ist erst um 1650 gefertigt worden. In dem Wismarer Verfestungsbuch wird „Stortebeker“ als Familienname aufgeführt, und als Familienname existiert er noch heute – es leben mehrere „Störtebekers“ mit verschiedener Schreibweise in Norddeutschland. So ist es unklar, ob der Nachname erst mit Klaus Störtebeker entstand oder ob er ihn als Familiennamen geerbt hat.
Ins öffentliche Bewusstsein trat Störtebeker wohl nach der Vertreibung der Vitalienbrüder von Gotland als Kapitän der Likedeeler. Dort hatten die Vitalienbrüder, die sich als Freibeuter selbstständig gemacht hatten, von 1394 bis 1398 Schutz hinter den Mauern der Stadt Visby gesucht. Ursprünglich unterstützten sie König Albrecht von Schweden im Kampf gegen die dänische Königin Margarethe I. und betrieben dazu auch Seeräuberei in Nord- und Ostsee. Den Übergriffen auf die Schiffe der Dänen und Lübecker, die auf dänischer Seite standen, folgten bald Überfälle auf andere Schiffe der Hanse. Hierfür hatten die Vitalienbrüder Kaperbriefe erhalten. Damit konnten sie die erbeuteten Waren in Wismar frei auf dem Markt verkaufen.
Seit 1396 hatten die Vitalienbrüder auch Unterstützung in Marienhafe, Ostfriesland, wo er eine Tochter des friesischen Häuptlings Keno ten Broke geheiratet haben soll. Zugleich soll ihm in der Kirche St. MarienUnterschlupf gewährt worden sein, weshalb der Kirchturm „Störtebekerturm“ genannt wird. Diplomatischer Druck seitens der Hansestädte führte zum Verlust dieser Operationsbasis. Am 15. August 1400 beurkundete Herzog Albrecht I. von Bayern, Graf von Holland und Hennegau, einen mit den Vitalienbrüdern geschlossenen Vertrag. Diesem zufolge nahm er 114 Vitalienbrüder auf und stellte sie unter seinen Schutz. Acht Hauptleute werden namentlich genannt, darunter ein Johan Stortebeker. Es ist unwahrscheinlich, dass sich ein weiterer Anführer mit dem Namen Störtebeker in den Vordergrund gedrängt hat. Darum kann angenommen werden, dass Klaus Störtebeker nicht wie Gödeke Michels nach Norwegen geflohen war, sondern sich weiterhin nahe der Nordseeaufhielt.
Beim Versuch, den Seehandel mit England und Holland vor Piratenangriffen zu schützen, verstärkten die Hanse und insbesondere die Hansestadt Hamburg die Verfolgung und Bekämpfung Störtebekers und Gödeke Michels‘. Störtebeker soll den überlegenen Hansekoggen mit seinen Schiffen aber immer wieder auf die hohe See entkommen sein.
Am 22. April 1401 wurde Klaus Störtebeker auf seinem Schiff Toller Hund[1] gemäß der späteren Überlieferung von einem Verband hamburgischer Friedeschiffe unter Nikolaus Schocke und Hermann Lange, beide Hamburger Ratsherren und Englandfahrer, vor Helgoland gestellt, nach erbittertem Kampf gefangen genommen und auf der Bunten Kuh nach Hamburg gebracht. Ein Verräter soll flüssiges Blei in das Ruder gegossen und so das Schiff manövrierunfähig gemacht haben – alternativ wird dies mit der Zerstörung des Hauptmastes durch Geschosse der Bunten Kuherklärt.
Die Sage will wissen, dass Störtebeker dem Rat nach dem Todesurteil für Leben und Freiheit eine goldene Kette anbot, die um die ganze Stadt reichen sollte – was der Rat aber zurückwies. Als man den legendären Goldschatz der Likedeeler nicht finden konnte, wurde das Schiff an einen Schiffszimmermann verkauft. Als dieser die Säge ansetzte, um das Schiff zu zerlegen, traf er auf etwas Hartes: In den Masten verborgen war der Schatz, einer mit Gold, der andere mit Silberund der dritte mit Kupfer angefüllt; er ließ aus dem Gold eine Krone für den Turm der Hamburger St.-Katharinen-Kirche anfertigen. Klaus Störtebeker wurde laut der Tradition am 21. Oktober 1401 mit 72 Gefährten, unter ihnen seinem Steuermann Humbert Grobherz, auf dem Grasbrook vor Hamburgs Hafeneinfahrt vom Scharfrichter Rosenfeld aus Buxtehude enthauptet. Der Legende nach soll Kersten Miles, der Bürgermeister von Hamburg, versprochen haben, allen Männern das Leben zu schenken, an denen er nach seiner Enthauptung vorbeiginge. An elf Männern schritt der Geköpfte vorbei, bevor ihm der Henker den Richtblock vor die Füße warf (bzw. ihm laut einer anderen Version ein Bein stellte). Nach dem Sturz des Piraten brach der Bürgermeister sein Versprechen, und alle 73 Seeräuber wurden enthauptet. Eine weitere Legende berichtet, dass der Scharfrichter Rosenfeld alle 73 Enthauptungen selbst und fehlerfrei durchgeführt habe. Als ihn ein Mitglied des Rates darob lobte, soll er geantwortet haben, das sei noch gar nichts, er könne auch noch den gesamten versammelten Rat hinrichten. Daraufhin wurde er in Gewahrsam genommen und selbst vom jüngsten Ratsmitglied enthauptet. Die Köpfe der Seeräuber wurden längs der Elbe aufgespießt. Angebliche Hinterlassenschaften Störtebekers, wie sein Trinkbecher, wurden beim Großen Hamburger Brand 1842 vernichtet.
Das Störtebekerbild wird relativiert durch Forschungsergebnisse, die 2007 in den Hansischen Geschichtsblättern publiziert und am 26. Dezember 2007 in der NDR-Fernsehdokumentation „Der wahre Schatz des Störtebeker“[2] einem breiten Publikum vorgestellt wurden.[3][4] Der Historiker Gregor Rohmannkommt zu dem Schluss, dass sich die historischen Quellen zu Klaus Störtebeker auf Johann Stortebeker, Kaufmann, Kapitän und Fehdehelfer aus Danzig beziehen. Johann Stortebeker wird erstmals in deutschen Gerichtsakten im April 1405 erwähnt. Demzufolge wurde er zu einer Geldstrafe verurteilt, weil er eine Handelssperre preußischer Städte gegen England missachtet hatte. Johann Stortebeker wurde am 15. August 1400 von Albrecht von Holland zusammen mit 114 Vitalienbrüdern angeworben, um dessen schärfste Konkurrenz im Handel, die Hanse, zu schwächen. In diesem Abkommen wird ausdrücklich ein Johan Stortebeker genannt. 1413 wurde Kapitän Johann Stortebeker vom englischen König Heinrich V. mit 40 Mann Besatzung unter Vertrag genommen, um englische Handelsschiffe zu beschützen. Rohmann nimmt an, dass Geschichten und Berichte um den Piraten Klaus Störtebeker ihren Ursprung im Danziger Kapitän Johann Stortebeker haben. Sollte sich dies bestätigen, ist Störtebeker weder 1401 auf dem Hamburger Grasbrook hingerichtet worden, noch ist „Nicolao Störtebeker“ aus dem Wismarer Verfestungsbuch mit dem Kapitän Störtebeker identisch. Auch die Zuschreibung des Schädels aus dem Museum für Hamburgische Geschichte wird damit hinfällig – er gehörte damit einem namenlosen Hingerichteten des Mittelalters. Den Piraten Klaus Störtebeker hat es demnach nicht gegeben.
Der Name Klaus Störtebeker tauchte in den Quellen erstmals in Hermann Korners „Chronica novella“ von 1435 auf und wurde insbesondere durch Albert Krantz in seiner damals sehr populären Wandalia (1518) verbreitet. Korner fügt in einer neueren Fassung seiner Chronik den Vornamen Clawes für Stortebeker ein, später in der lateinischen Version Nikolaus, wohl nach dem Bischof Nikolaus von Myraaus dem 3./4. Jahrhundert, der Seefahrern als Schutzheiliger galt. Die 1430 begonnene „Rufus-Chronik“ nimmt Korners Vorgabe auf und nennt Störtebeker „Clawes“. Bei späteren Autoren wird daraus die modernere Version Klaus