Le projet Confluence réalisé par le Syndicat Mixte Doubs-Loue est une action ambitieuse de restauration conciliant les enjeux environnementaux et la protection des populations. Il a pour objectif de mieux protéger les habitations des crues, de restaurer la richesse écologique de la confluence en diversifiant les habitats naturels, en augmentant la biodiversité et en retrouvant un milieu alluvial fonctionnel. A la fin des travaux, dès la fin mai 2018, des espèces peu présentes voire absentes ont pu être observées : harle briève, sterne pierregarin, vanneau huppé.
Le castor d’Eurasie (castor fiber) déjà présent sur le site avant les travaux, a pu retrouver ici un espace de gagnage idéal et riche en jeunes saules constituant la majorité de son alimentation. Ce rongeur pèse de 16 à 28 kg et peut mesurer jusqu’à 1.35 m. Il est connu pour sa queue plate protégée par des écailles - large de 13 à 16 cm et longue d'environ 30 cm- qui lui sert de gouvernail pour se déplacer dans l’eau, mais aussi de réserve hivernale de graisse et d'échangeur thermique : il la plonge dans l'eau fraîche quand il fait chaud. Cette espèce a un rapport particulier à son environnement, puisque capable de le créer et d’améliorer son habitat. Pour s'établir durablement, cet animal semi-aquatique, a besoin d'eau permanente (60 cm de haut au minimum). Il construit son terrier dans la berge et son entrée est toujours située sous l’eau, ce qui est considéré comme une stratégie défensive. Si le niveau de l'eau descend en été, il construit une digue avec des branches pour l'élever de manière que l'entrée de son gîte soit toujours immergée et invisible.