Rozpráva geokešer v nemocnici.
„Nuž viete, vybral som sa na kešky, idem do lesa a prídem na prvé súradnice a tam v zemi dáka dierka...“
Nervózna sestrička odvrkne: „Jasne, strčili ste prsty do osieho hniezda a vidíte ako to dopadlo.“
Geokešer pokračuje „Ale nie, bola tam mikroška a pekne skrytá, zalogoval som sa a išiel ďalej. Potom som prišiel k takej trhline medzi kameňmi, strčím ruku a ...“
Vedľa ležiaci pacient mu skočí do reči: „No, to je to, strkať ruku do skrýše vretenice...“
Kešer si to nevšíma a pokračuje: „Nie, žiaden had tam nebol, bola tam pekná krabička, ešte aj TBčko som v nej našiel, zalogoval som sa a išiel ďalej. Prišiel som k takej veľkej nore, vojdem dnu a...“
Teraz už prišiel doktor a doplní svoj tip: „...to bola medvedia nora, že áno?“
Kešera to už prestáva baviť, tak vraví: „Ale kde, bola tam dobre skrytá krabička, tak som sa zalogoval a plný nadšenia z úspechov som prišiel k takej veľkej diere. Premýšľam, čo za keška by to tam mohla byť? Priblížim sa ku vchodu a ... odtiaľ sa vyrútil košický rýchlik.“
Doktor sa na chvíľu zamyslí a vraví: „Vážený pán, to sa dalo čakať, mne je vaša diagnóza teraz úplne jasná. Práve prišli výsledky z laboratória. Pozrite sa sami a skúste to rozlúštiť, kým sa vaše zranenia zahoja. No a keby ste prišli na riešenie, tak pri hľadaní dávajte pozor v teréne na kliešte, osy a iný bodavý hmyz a nezabúdajte aj na diviaky a medvede.“
Kešer sa pozrie na lístoček, ktorý mu dal doktor a na ňom číta:
„
>dg:
METTPLNSQKQLSACEDGEDCQENGVLQKVVPTPGDKVESGQISNGYSAVPSPGAGDDTRHSIPATTTTL
VAELHQGERETWGKFLLSVIGYAVDLGNVWRFPYICYQNGGGAFLLPYTIMAIFGGIPLFYMELALGQYH
RNGCISIWRKICPIFKGIGYAICIIAFYIASYYNTIMAWALYYLISSFTDQLPWTSCKNSWNTGNCTNYF
SEDNITWTLHSTSPAEEFYTRHVLQIHRSKGLQDLGGISWQEALCIMLIFTVIYFSIWKGVKTSGKVVWV
TATFPYIILSVLLVRGATLPGAWRGVLFYLKPNWQKLLETGVWIDAAAQIFFSLGPGFGVLLAFASYNKF
NNNCYQDALVTSVVNCMTSFVSGFVIFTVLGYMAEMRNEDVSEVAKDAGPSLLFITYAEAIANMPASTFF
AIIFFLMLITLGLDSTFAGLEGVITAVLDEFPHVWAKRRERFVLAVVITCFFGSLVTLTFGGAYVVKLLE
EYATGPAVLTVALIEAVAVSWFYGITQFCRDVKEMLGFSPGWFWRICWVAISPLFLLFIICSFLMSPPQL
RLFQYNYPYWSIILGYCIGTSSFICIPTYIAYRLIITPGTFKERIIKSITPETPTEIPCGDIRLNAV
“
Zmätený sa pýta doktora: „Ach jaj, to sa budem musieť ešte dlho z toho liečiť, kým toto vyriešim. Nemohli by ste mi dať aspoň nejaký hint?“
Doktor mu vraví:
„Prežeňte to na NCBI cez Protein-protein BLAST a na Swiss-prot sa dozviete, čo vám je.“
Kešer naňho vyvalí oči, ale keďže je zvyknutý na hádanky a vie, že ich výsledkom musí byť súradnica v teréne, tak sa pýta: „No a myslíte si, že tam nájdem finálne súradnice?“
„Priamo nie, ale vypočítate ich takto...“ a podá mu druhý lístok, na ktorom sú úlohy a výpočty:
1.) V proteínovej sekvencii z laboratória chýba niekoľko aminokyselín a jedna aminokyselina je zamenená.
A = počet chýbajúcich aminokyselín.
2.) Ku ktorej zámene aminokyseliny došlo u geokešera?
B = 9, ak je tam G namiesto A
B = 8, ak je tam E namiesto L
B = 7, ak je tam P namiesto N
B = 6, ak je tam S namiesto V
3.) C = pozícia zámeny aminokyseliny v dlhšom z vyhľadaných reťazcov (rozdiel medzi nimi je 42 aminokyselín)
4.) D = číslo, ktorým sa označuje taxón, do ktorého patrí geokešer
5.) E = číslo chromozómu geokešera, na ktorom sa tento gén nachádza
6.) Proteín zabezpečuje transmembránový symport istej molekuly do bunky. O ktorú molekulu sa jedná?
F = 150, ak ide o fruktózu
F = 250, ak ide o dopamín
F = 350, ak ide o serotonín
F = 450, ak ide o železo
7.) Ktorá z nasledujúcich porúch je dôsledkom chybného fungovania tohto génu?
G = 5, ak je to diabetes mellitus 1. typu
G = 4, ak je to úzkosť spojená s obsedantno-kompulzívnou poruchou
G = 3, ak je to porucha vstrebávania železa v tenkom čreve
G = 2, ak je to epilepsia
8.) H = najnižšia pozícia v proteíne, na ktorú sa na základe publikovaných výskumov Coleman a kol. viaže sodík 2
9.) I = pozícia serínu, ktorého zámena za kyselinu asparágovú vedie k najvýraznejšej strate schopnosti molekuly transportovať molekuly do bunky
Finálne súradnice:
N 48°4X,XXX'
E 018°3Y,YYY'
XXXX = A + B*G + D/A + E + F - H
YYYY = ((D*G)/A) – (C+I)*G – I – H/A – A*G
Poznámka pre geokešerov:
Ak sa vám podarilo vyriešiť umiestnenie krabičky, gratulujem. Dúfam, že ste pri tom uvedomili aspoň dve veci: ako to je vlastne s tými našimi génmi a ich pôsobením a že molekulárno-biologické databázy sú ešte väčšia „kopa sena“ ako by sa zdalo, takže nájsť v nej tú správnu „ihlu“ na „zašitie problému“ nie je vôbec ľahké.
Verím, že nájsť krabičku na vypočítaných súradniciach bude omnoho ľahšie a keď už pôjdete po ňu do terénu pamätajte na rady doktora z nemocnice v našom príbehu, aby ste sa tam nedostali aj vy. Lovu zdar!
Poznámka pre geokešerov č. 2:
Aby som uľahčil zadanie (podľa FTF-karov to bolo D5 a tak aby som ho znížil na D4) pridávam zopár rád a poznámok.
V prvom rade si všimnite, že doktor v príbehu popísal pacientovi celý postup riešenia. Preto som kľúčové pojmy zvýraznil. NCBI a Swissprot sú databázy. Väčšinu odpovedí získate na NCBI po použití Protein-protein BLAST a len pre posledné dve otázky potrebujete ísť na Swissprot/Uniprot a tam použiť na vyhľadanie nejaký údaj získaný z NCBI. Nie je potrebné vyhľadávať žiadne odborné publikácie Colemana. Potrebné údaje od neho sú v spomínaných databázach. Posledné dve rady vás zorientujú v hľadaní: sodík=sodium, zámena aminokyselín je výsledkom mutácie=mutagenesis.
Táto keška je súčasťou série 9+1 kešiek, každá nasledujúca má stúpajúcu obtiažnosť od 1 do 5. Dúfam, že budú pre vás zdrojom zábavy i poučenia.
V každej z nich sa nachádza kartička, na ktorej sú atómy alebo skupiny atómov. Poskladajte z nich molekulu a dokážete vyriešiť BONUSovú cache.