Územie dnešného Zelenča bolo už osídlené v rokoch 4500-3000 pred Kristom. Od kultúry lengyelskej cez eneolit, dobu bronzovú, železnú až po dobu rímsku a slovanskú.
Artefakty, ktoré sú uložené v Archeologickom ústave v Nitre i tie, ktoré sú v Západoslovenskom múzeu v Trnave, aby jednoznačne potvrdili.
Archeológmi nájdené nálezy sú:
neolitické sídlisko s kultúrou volútovou, želiezovskou, longyelovskou, hroby stredodunejskej mohylovej kultúry zo strednej doby bronzovej, sídlisko neskorolatentné, rímsko barbarské a ranostredoveké.
Prvá historická zmienka o Zelenči sa nachádza v listine kráľa Belu IV. z 13.mája 1243, kde sa uvádza pod názvom SEELENCH, kedy ju Belo IV. daruje bratislavskému mešťanostovi Wochovi, ktorý dostal tieto pozemky ako znak vďačnosti za preukázané služby pri ohrození kráľovstva Tatarmi, do osobného vlastníctva, ako aj do vekového vlastníctva jeho potomkov.
V druhej listine zo 14. októbra 1260 Bela IV. vymieňa pozemok v Strhároch a Kleňanoch synom Wacíka, známym grófa Dubuka, za pozemok v župe bratislavskej.
V roku 1278 sa obec Zeleneč dostáva do vlastníctva bratislavskej kapituly.
V nej sa Zeleneč nazýva ZELENCH, ZELYNCH.
Ak sa zamyslíme nad pôvodom názvu obce Zeleneč, tak môžeme určiť, že motivácia vzniku názvu pôvodnej usadlosti Zeleneč, bude väčšia časť chotára s výnosnými lúkami, pasienkami, záhradami, prípadne vinohradmi. A sotva bude náhodné, že časť chotára obce má taký charakter i dodnes.