Rupert Mayer (* 23. Januar 1876 in Stuttgart; † 1. November 1945 in München) war ein deutscher Jesuit und Präses der Marianischen Männerkongregation. In der Zeit des Nationalsozialismus gehörte er zum katholischen Widerstand. 1987 wurde er seliggesprochen.
Bereits in den 1920er-Jahren erkannte Mayer die von den Nationalsozialisten ausgehende Gefahr. Nach deren Machtübernahme trat er entschieden für die Rechte der Kirche und für die Religionsfreiheit ein. Öffentlich erklärte er, dass ein Katholik nicht Nationalsozialist sein könne. Als 1935 die Caritassammlung verboten wurde, stellte er sich aus Protest am 18. Mai des Jahres mit der Sammelbüchse vor die St.-Michaels-Kirche. Da er auch in seinen Predigten das Regime anprangerte, wurde über ihn nach seinen Predigten gegen die Verleumdungskampagne der Nationalsozialisten im Rahmen der sogenannten Sittlichkeitsprozesse im April 1937 ein Redeverbot verhängt. Als er dieses nicht befolgte, wurde er am 5. Juni verhaftet. Im Juli wurde er von einem Sondergericht wegen Kanzelmissbrauchs verurteilt. Wegen der Entrüstung des Kardinals und weiter Teile der Münchner Bevölkerung wurde er jedoch freigelassen. Vor dem Sondergericht erklärte er: „Trotz des gegen mich verhängten Redeverbotes werde ich weiterhin predigen, selbst dann, wenn die staatlichen Behörden meine Kanzelreden als strafbare Handlungen und als Kanzelmissbrauch bewerten sollten.“
Da er weiterhin regimefeindlich predigte, wurde er am 5. Januar 1938 erneut verhaftet und in das Gefängnis in Landsberg am Lech gebracht. Durch eine Amnestie kam er am 3. Mai 1938 frei. Er hielt sich nunmehr an das Predigtverbot, weigerte sich jedoch, Auskunft über seine Seelsorgegespräche zu geben. Deshalb wurde er am 3. November 1939 zum dritten Mal verhaftet und in das Konzentrationslager Sachsenhausen gebracht. Nachdem sich sein Gesundheitszustand deutlich verschlechtert hatte, wurde er im August 1940 schließlich im Kloster Ettal interniert.
Er durfte das Kloster bis zum Ende des Krieges nicht mehr verlassen und keine Besuche empfangen, außer von Beamten und Mitbrüdern. Dennoch gelangten immer wieder handgeschriebene Briefe nach draußen, die mit simplen Mitteln vervielfältigt wurden und im Kreis seiner engsten Vertrauten zirkulierten (u. a. durch seinen Sodalen Matthias Pfäffl). Es war in dieser Zeit höchst brisant, irgendwelche Aufzeichnungen oder Nachrichten von Pater Rupert Mayer zu besitzen oder in den Umlauf zu bringen, da dies einem Hochverratsdelikt gleichgestellt und mindestens mit KZ-Aufenthalt bestraft wird.
Nach Kriegsende kehrte er im Mai 1945 nach München zurück, konnte sich jedoch der gewonnenen Freiheit nicht lange erfreuen. Am Fest Allerheiligen erlitt er während der Predigt bei der Morgenmesse in der Kreuzkapelle der Münchner St.-Michaels-Kirche einen Schlaganfall. In liturgischen Kleidern wurde er vom Altar getragen. Er war nicht umgefallen. Er erhielt noch die letzte Ölung und starb 2 1⁄2 Stunden später, ohne das Bewusstsein nochmals erlangt zu haben.