Mykologie (altgriechisch μύκης mýkēs ‚Pilz‘ und -logie) ist die Wissenschaft von den Pilzen. Zu den Pilzen gehören die Abteilungen Schlauchpilze (Ascomycota), Ständerpilze (Basidiomycota), Jochpilze (Zygomycota), Töpfchenpilze (Chytridiomycota) und Arbuskuläre Mykorrhizapilze (Glomeromycota).
Traditionell befassen sich Mykologen oft auch mit Schleimpilzen (Myxomycota) und Eipilzen (Oomycota), die inzwischen nicht mehr zu den Pilzen, sondern zu den Protisten gezählt werden. Auch die Wissenschaft von den Flechten – die Lichenologie – gehört im weitesten Sinn zur Mykologie, da bei dieser Symbiose der dominierende Part von Pilzen eingenommen wird. In der Mykologie gibt es große Überschneidungen mit der Mikrobiologie, da sehr viele Pilze – zumindest in bestimmten Entwicklungsstadien – zugleich Mikroorganismen sind.
Einer griechischen Sage zufolge gründete der griechische Held Perseus die Stadt Mykene an der Stelle, wo er sich mit Wasser erfrischte, welches sich im Hut eines Pilzes (mýkēs) gesammelt hatte.