Po klęsce Polski w 1939 r., zgodnie z postanowieniami paktu Ribbentrop-Mołotow, Szczuczyn przypadł ZSRR. W czerwcu 1941 r. roku Niemcy błyskawicznie zajęli miasteczko, jednak ich wojska nie zatrzymały się tutaj, tylko parły dalej na wschód. Polska ludność utworzyła wtedy w miasteczku tymczasową milicję i władze.
Cmentarz żydowski w Szczuczynie - niemiecka pocztówka z okresu I wojny światowej
Już w piątek 27 czerwca 1941 późnym wieczorem, gdy całe miasteczko spało, zaczęła się w Szczuczynie pierwsza masakra Żydów. Cztery zorganizowane grupy Polaków zaatakowały jednocześnie różne części miasteczka zamieszkane przez ludność żydowską. Mordowano w bestialski sposób mężczyzn, kobiety i dzieci. O wydarzeniach tych mówią m.in. raporty AK z tamtego okresu, na podstawie których można próbować odtworzyć listę głównych sprawców.
Żydowska rodzina ze Szczuczyna. Źródło: www.szczuczyn.com/szczuczyners7.htm
Po nocnej masakrze Żydzi byli obezwładnieni strachem. Wszystko wskazywało na to, że najbliższej nocy sytuacja się powtórzy. Na szczęście wieczorem wkroczyły do miasteczka nowe oddziały frontowe Wehrmachtu. Przekupieni przez Żydów Niemcy zgodzili się patrolować ulice i niebezpieczeństwo kolejnego pogromu zostało chwilowo zażegnane.
Później Żydzi byli prawie codziennie zmuszani do pielenia z trawy szczuczyńskiego rynku. Dochodziło też do pojedynczych mordów i rabunków. Do największego mordu doszło 14 lipca 1941 r. Polska milicja najpierw zebrała Żydów na rynku, a następnie odprowadziła na teren cmentarza. Tam część osób została zwolniona, ale pozostało około stu mężczyzn, którzy następnie zostali zamordowani. Zabijano ich pojedynczo, w bestialski sposób, przy wykorzystaniu najprostszych narzędzi. Później zmuszono mieszkańców pobliskiej wsi Skaje do ich pochowania na cmentarzu w zbiorowych mogiłach. Na teren cmentarza zostały też wtedy przeniesione ekshumowane ciała osób, które zginęły w pierwszym pogromie. Chowano tutaj również ofiary późniejszych, popełnianych na mniejszą już skalę mordów.
Na terenie cmentarza znajdują się przynajmniej dwie zbiorowe mogiły. W pobliżu jednej z nich ustawiono mały pomnik podający nieprawdziwe informacje dotyczące sprawców i daty tych zbrodni.
Dokładna liczba Żydów zamordowanych w 1941 r. i pochowanych na tutejszym cmentarzu jest nieznana. Wiadomo tylko, że już 12 lipca 1941 r. niemiecka komendantura polowa w Łomży przekazała meldunek na podstawie raportu żandarmerii polowej, że od 7 do 12 lipca Polacy w Szczuczynie dokonali pogromów Żydów, w trakcie których miało zginąć ok. 300-400 osób.
W trakcie większości popełnionych w Szczuczynie mordów stacjonował w miasteczku niewielki oddział niemiecki. Udział Niemców w inspirowaniu tych zbrodni jest nieznany. Nie ulega jednak wątpliwości, że zdecydowana większość z tych mordów została popełniona polskimi rękoma.
Po wojnie 16 Polaków było sądzonych za zbrodnie popełnione na ludności żydowskiej w Szczuczynie i okolicach. Żydzi zeznawać już oczywiście nie mogli, a polska ludność była w większości albo zastraszona przez sprawców i bała się zeznawać, albo po prostu takich zeznań składać nie chciała. Ostatecznie skazano 8 osób na kary więzienia do 15 lat, a jedną osobę skazano na karę śmierci (później karę tę złagodzono do 15 lat więzienia).
Nikogo z dzisiaj żyjących nie można już oczywiście obwiniać za te zbrodnie. Nie wolno nam jednak ukrywać prawdy, jakkolwiek bolesna by ona nie była, kim byli ich sprawcy. Tylko w ten sposób dajemy sobie szansę, że nic podobnego nigdy już się nie wydarzy.