Il giacimento preistorico di Isernia "La Pineta" fu scoperto occasionalmente nel 1978 durante i lavori per la costruzione di una bretella della SS85. Per l'enorme quantità di reperti rinvenuti o ancora da scoprire rappresenta un'eccezionale documentazione delle fasi più antiche del popolamento del continente europeo e costituisce un punto nodale per lo studio della preistoria italiana ed europea. Nei livelli archeologici del sito, risalenti a circa 600 mila anni fa, è stato rinvenuto un dente di bambino che, allo stato attuale delle ricerche, rappresenta il più antico resto umano della Penisola Italiana.
ll Museo nasce attorno l'area archeologica di Isernia La Pineta e si articola in diverse aree unite tra loro da un lungo corridoio esterno che accompagna il visitatore alla visita grazie anche a una serie di grandi fotografie dedicate a tutti gli aspetti della ricerca, della didattica e della valorizzazione del sito e del museo.
L’area archeologica è parte integrante del complesso museale grazie a due percorsi posti a quote differenti: quello superiore destinato alle visite, quello inferiore dedicato ai ricercatori che ancora oggi, in particolare nei mesi estivi, lavorano alle attività di scavo e studio dei materiali rinvenuti nel sito.
