In a doua jumatate a secolului al XVII-lea, aici era o bisericuta de lemn, cum se mentioneaza, la 9 martie 1680, intr-un document ramas de la Serban Cantacuzino; nu se stie insa cand a fost cladita. Dupa unii istorici, ea a fost ctitorie a boierilor Floresti, servind ca paraclis pentru casele acestora, situate in apropiere, pe malul stang al Dambovitei.
Pe atunci, Dambovita, in curgerea ei libera, facea tot felul de ocolisuri si de coturi, care au fost corectate in urma canalizarilor succesive. In dreptul Caii Victoriei de azi, de pilda, ea facea un mare cot spre dreapta, apropiindu-se mult de Biserica Sfintii Apostoli. Dupa ce strabatea Mahalaua Arhimandritului, Dambovita taia drumul Cilibiului, intre bisericile Sfintii Apostoli si Sfantul Spiridon Vechi, si se indrepta spre Curtea Veche - Curtea Domneasca.
Asadar, pana la canalizarea Dambovitei, Biserica Sfantul Spiridon Vechi era pe malul stang al raului, iar dupa corectarea albiei, a ramas pe malul drept. La inceputul secolului al XVIII-lea, biserica avea case de zid in jurul ei, cum se precizeaza intr-un document de la 21 martie 1716, in care locuia Mitrofan Tipograful. Este posibil ca acum si biserica sa fi fost de zid. Aceste case, ca si hanul aflat tot aici, au suferit mari stricaciuni la cutremurele din 1802 si 1838, drept care au fost demolate in 1868.
Inconjurata de constructii ce alcatuiau un ansamblu manastiresc, ea avea sa atraga daniile si obladuirea diferitilor boieri, intre care, cei dintai, au fost chiar domnitorii tarii. Astfel, la data de 5 iulie 1718, Ion Mavrocordat a dat Manastirii Sfantul Spiridon Vechi o pravalie in orasul Bucuresti, iar la 1 septembrie 1742, Mihail Racovita a ingaduit egumenului sa ia in stapanire casa lui Stan Barbierul, intorcandu-i banii, pentru ca n-a respectat conditiile intelegerii ce a avut cu manastirea.
Ultima pisanie, in limbile greaca si araba, arata ca domnitorul Constantin Mavrocordat, in a patra domnie in Tara Romaneasca, dupa ce a inchinat Manastirea Sfantul Spiridon Vechi Patriarhiei de Antiohia, la 8 decembrie 1746, mitropolitul Ungrovlahiei fiind Neofit Cretanul, fost al Mirelor, "facandu-l metoc pentru ierarhii si calugarii arabi", intre anii 1747-1748 a rezidit din temelie biserica, cu cheltuiala sa, la staruinta Patriarhului Silvestru al Antiohiei, aflat atunci la Bucuresti, si a inzestrat-o cu chilii, cladiri, hanuri, locuri de case si mosii.
Pisania din piatra de la intrare care consemneaza aceste fapte, este scrisa in greaca, araba si romana si are la mijloc stema domnitorului, adica "un cap de bour si un corb cu o cruce in cioc". "Aceasta sfanta si prea cinstita biserica, cu hramul celui intre sfinti Parintelui nostru Spiridon al Trimitundei, Facatorul de minuni, s-a zidit cu toate cladirile ei de primprejur in vremea stapanirii Prea Inaltatului si iubitorului de Hristos, Domn si Stapanitor a toata Ungrovlahia, Domn Ioan Constantin Nicolae Voievod, cu cheltuiala si socoteala Prea Inaltimii Sale, pentru sufleteasca sa mantuire. Si s-a inchinat prea sfantului apostolicesc si patriarhicesc scaun al marii cetati a lui Dumnezeu, Antiohia, fiind patriarh Prea Fericitul Kir Silvestru care, in vremea zidirii ei era de fata si supraveghea. In anul 1747 de la Hristos."