L'attuale Santuario fu il primo centro di civiltà cristiana da cui si sviluppò la vita organizzata a Borgio. Esso fu edificato sui resti di un tempio pagano e si è giunti all'attuale configurazione attraverso diverse tappe, ampliando e trasformando man mano le precedenti costruzioni. Nell'800 ebbe inizio la costruzione della chiesa vera e propria. Il campanile, ritoccato nel tempo, è uno dei più antichi della Riviera di Ponente e risale al 1076. Il santuario ha una struttura a tre navate e rappresenta un tipico esempio di architettura romanico-gotica in Liguria. Nel 1960 Papa Giovanni XXIII eresse il tempio a Santuario dichiarandolo "Insigne" ad onore della Madonna del Buon Consiglio, ancora oggi considerata co-patrona con San Pietro. Tra il 2007 e il 2009 l'interno del Santuario è stato completamente ristrutturato e vennero recuperati gli antichi affreschi del XIV-XV secolo e la tela, attribuita al Carlone, raffigurante i Santi Biagio, Apollonia e Lucia.