Na ziemiach polskich w średniowieczu też zdarzały się prześladowania „heretyków”. Na przykład na Śląsku w 1315 r. na polecenie biskupa Henryka z Wierzbnej posłano na stos przynajmniej 50 waldensów, m.in. w Świdnicy i Wrocławiu.

W Warszawie do kolejnego wydarzenia bez precedensu doszło w 1689 r. – pierwszej egzekucji szlachcica skazanego z powodów wyznaniowych. To polityk i filozof, były jezuita Kazimierz Łyszczyński, oskarżany o ateizm. Był autorem traktatu De non existentia Dei (O nieistnieniu Boga), który nieopatrznie dał sobie wykraść zawistnemu sąsiadowi, winnemu mu sporą sumę pieniędzy. Zadenuncjowany Łyszczyński bronił się, że wcale nie jest ateistą, a traktat miał doczekać się drugiej części – z argumentami na rzecz istnienia Boga. Sąd jednak nie dał się przekonać.
Surowo zwalczano apostatów. Na stos trafiali żydzi, oskarżani bezpodstawnie o profanację Hostii, zatruwanie studni czy mordowanie chrześcijańskich dzieci. Palono też pogan, chrześcijanie nie widzieli zaś różnicy między wieloma tradycyjnymi ludowymi praktykami a czarną magią. Nie przypadkiem inkwizytor Heinrich Kramer, autor podręcznika Młot na czarownice (1487), wcześniej zdobywał szlify, występując przeciw żydom, husytom, beginkom i innym „odszczepieńcom”.
W innej formie (ksenofobii,homofobii, rasizm, rasizm kulturowy, nacjonalizm) ale trwa do dzisiaj... Sanctae inquisitionis vivit et valete!
