El primer documento histórico en el que aparece Villatoro Data del año 1030 en el 1 de enero.
En ese día el sacerdote don Sancho y su hermana Ignacia ofrecen una viña a San Pedro de Cardeña. por otra parte se sabe que Villatoro surge en una repoblación que se hace al saltar del rio Ubierna al Arlanzón en el año 880.
Como tal es el barrio más antiguo de la ciudad de Burgos y tiene en su nombre corte aldeana a pesar de ser y estar desde el primer momento participando de la historia de Burgos como ciudad.
Según un documento del siglo XI las viñas que gozaban de mayor renombre y prestigio eran las que existían en Las calzadas, Villimar y Villatoro. cabe destacar que en todos los documentos encontrados Villatoro aparece como barrio sin saber la fecha exacta de su nombramiento como tal.
También se sabe que los nombres por los que pasó fueron: VILLAGOTORUN, VILLADJUNTORIUN, VILLAOTERO Y VILLAABTORO. Por lo que el nombre Villatoro proviene de GOTORUN o villa de Godos.
De tal nombre proviene su escudo cuyas armas son escudo en oro grupo de casas solariegas con tejado en gules gordo con casco alado en plata así como pelo y barbas en oro más claro que el escudo.
La historia del barrio no se podría entender sin la historia del convento anexo al mismo. Convento de Fresdelval hoy en día en ruinas pero que tuvo una gran relevancia siglos atrás. En la actualidad está en restauración con la esperanza de que algún día podamos preservar el gran patrimonio cultural que atesora.
Tras una serie de milagros como una curación de ceguera o la resurrección de doña Elvira de Sandoval vecina de Burgos la devoción por la Virgen de Fresdelval localizada en el valle con su mismo nombre creció exponencialmente durante el reinado de Alfoso XI.
El propietario de dichas tierras en aquel valle don Pedro Roiz era el Adelantado Mayor de Castilla tras morir Pedro Roiz su hijo don Gómez Manrique hereda su devoción.
Se casó con Sancha de Rojas, e hizo construir al lado de la ermita una casa palacio la cual aún preside el actual convento. Tras Gómez Manrique ir a la guerra y recibir un ballestazo se encomendó a la Virgen de Fredesval y dicha flecha no le hizo nada. tras este milagro que mandó edificar un convento de la Orden Jerónima al lado de la casa palacio ya construida. es mucha la historia que hay alrededor del convento y del barrio de Villatoro tanta que sería imposible narrar toda en esta página.
Más recientemente, el convento iba a hospedar hasta la muerte al emperador Carlos I ya retirado pero los problemas de gota le impidieron venir al norte ya que tenía un clima menos propicio para su enfermedad así pues decidió morir en otro convento Jerónimo pero en Cáceres. el convento también tuvo relevancia durante la Guerra de Independencia Española. Tras la dura desamortización de Mendizábal el convento pasó a quedarse en ruinas y desprotegido hasta que en la época franquista varios vecinos del barrio comenzaron a vivir ahí cuidando el patrimonio de los dueños. Hoy en día convento forma parte de una propiedad privada qué incluye las tierras alrededor del mismo en posesión de tres hermanos.
En la primavera de 1750 y hasta finales de 1754 tiene lugar la realización del Catastro de Ensenada en el cual se reflejan las propiedades ventas derechos cargas de los ciudadanos.
en la ciudad de Burgos tiene lugar en abril de 1751 y como en el resto de los entonces barrios villagonzalo, villímar, cortes, Las huelgas, el Hospital del Rey y Villatoro aparecen desde el primero hasta el último de sus bienes, labores, número de hijos etcétera.
El día 6 de abril del mismo año Espinardo, el intendente encargado de la realización del catastro, recibe por la tarde a los procuradores de los barrios burgaleses. Por Villatoro va Francisco Villalaín, se le entrega el bando por el cual deben entregar el memoria de la relación de billetes así con la mencionada fecha existen en Villatoro:
862 ovejas churras de 30 propietarios, 4 yeguas de dos propietarios, una vaca de un propietario, cuatro bueyes de dos propietarios, 7 colmenas de dos propietarios.
Ahora nos situamos en 1894 para ofrecer algunos datos y ver como eran entonces, el barrio estaba formado por nueve calles, calle El Prado en la que vivían dos familias calle Burgos en la que vivía en 15 familias que ayer Parral en la que vivían 18 familias calle Mayor en la que vivían 41 familias calle El Rodeo en la que vivían dos familias calle Las Eras más que vivían cinco familias calle barrezuelo en la que vivían 15 familias calle la ermita la que vivía en 7 familias y calle Fresdelvall en la que vivían cuatro familias.
Sumando entre todos 109 familias que totalizaban 532 habitantes de los cuales 220 eran casados 32 viudos y 279 solteros. el movimiento demográfico de ese año nos ofrece los siguientes datos 28 nacidos 15 varones y 13 hembras 5 casados y 15 fallecidos 7 adultos y 8 niños.
El siguiente hecho relevante será el boom inmobiliario Dónde se pasó de ser un pueblo de varias casas a un barrio mas de Burgos lleno de construcciones como chalets o pisos. Pasando de ser un entorno rural a un entorno de periferia aunque con grandes matices rurales podríamos decir que es un híbrido entre la periferia y el campo, un lugar de calma donde la calidad de vida es mucho mayor a la del estresante centro.
En 1990 se funda la Sociedad Recreativa BADEVILL, teniendo hasta nuestros días una relevancia grandísima en la vida del barrio. sociedad que trata de unir a los vecinos y mantener el patrimonio e historia del mismo.
Así pues la construcción de la ampliación del polígono de Villalonquéjar llega hasta nuestros días a las puertas del barrio trayendo grandes inversiones al Ayuntamiento de Burgos pero grandes problemas a los habitantes de Villatoro, siendo el nombre de este Villalonquejar aunque de las tierras expropiadas para las ampliaciones del suelo industrial son casi en su totalidad término de Villatoro. Las autoridades no han visto conveniente el llamar a ninguna de esas ampliaciones con el nombre de Villatoro.