1993 m., po apsilankymo Lietuvoje Popiežius Jonas Paulius II, lankydamasis Italijos La Vernos kalno pranciškonų vienuolyne, paragino brolius pastatyti vienuolyną prie Kryžių kalno. Popiežius sakė, jog Europoje yra du ypatingi kalnai – La Vernos ir Kryžių kalnas – ir tarp jų turi būti nutiestas tiltas. Toskanos provincijos pranciškonai padėjo ne tik suprojektuoti, bet ir pastatyti Kryžių kalno vienuolyną Lietuvoje. 1997 m. birželio 13 d. popiežius Jonas Paulius II Vatikane pašventino šio vienuolyno projektą, maketą bei nuo La Vernos kalno atskeltą kertinį akmenį, kuris 1998 m. gegužės 9 d. padėtas būsimo vienuolyno vietoje. Vienuolyno projektą sukūrė italų architektai Angelo Polesello ir Nunzio Rimmaudo, o statybą prižiūrėjo Šiaulių rajono vyriausiasis architektas Algimantas Jukna. Pastatas pabaigtas ir pašventintas 2000 m. liepos 8 dieną. Jame gyvena Mažesniųjų brolių ordino Lietuvos Šv. Kazimiero provinciįos broliai, kurie be kitų įsipareigojimų, globoja Kryžių kalną ir jį lankančius maldininkus. Vienuolyne yra šv. Pranciškaus stigmų gavimo koplyčia, kuri lankytojams atvira 8–21 val.
Sovietmečiu kas kartą naikinant Kryžių kalną ir deginant į krūvą suverstus kryžius nedegūs rožančiai buvo sumetami į duobes ir užberiami žemėmis. Pradėjus kasti pamatus vienuolynui buvo aptikta daugybė užkastų rožančių. Šio fakto atminimui vilnietis skulptorius Rimantas Sakalauskas 2002 m. iš granito sukūrė apie 4 metrų aukščio skulptūrą, pavadintą „Pirmoji paslaptis“, kuri į dangų stiebiasi šalia vienuolyno, ties pagrindiniu įėjimu.