La chiesetta fu eretta nel quartiere Ponzella che fa parte della contrada San Bernardino di Legnano, e venne consacrata nel 1728. L'altare è arricchito un quadro del Seicento che rappresenta la Crocifissione di Gesù con la Madonna, San Giovanni e Santa Maria Maddalena.
Nel 1779 la chiesa diventò oratorio di Gesù Cristo.
Il campanile fu ricostruito nel 1930. La nuova torre, che è più grande della precedente, è in stile veneziano. Le tre campane sono intitolate a San Magno, ai Santi Martiri e alla Vergine Immacolata.
Nel 1979 la chiesa di Santa Maria Maddalena è stata oggetto di un completo restauro.
L'attuale campanile della chiesa venne realizzato negli anni '30 in sostituzione di quello Settecentesco, giudicato all'epoca pericolante. L'attuale si presenta in stile veneziano, caratterizzato da una cuspide lavorata in mattoni scalati. Le tre campane, che originariamente erano destinate alla chiesa dei Santi Martiri, sono state dedicate a San Magno, ai Santi Martiri e alla Vergine Immacolata.
Tra il campanile e l'edificio ci sono i resti di un antico forno pubblico dove gli abitanti della poncena (l'antico nome del quartiere "Ponzella") cuocevano il pane.