Skibhusene er et lille landsbysamfund i Odense,. Skibhusene ligger for enden af Skibhusvej, hvor den gamle Odense Kanal ender.
Skibhusene er de facto vokset sammen med Skibhuskvarteret, men områdets historiske særpræg er dog bibeholdt, bl.a. grundet Odense Kommunes lokalplan for området. Trods sin afsides beliggende 4 kilometer nordøst for centrum, ligger Skibhusene alligevel i postdistriktet 5000 Odense C.
Det er en gammel bygning ved navn Skibhuset, der har lagt navn til i første omgang landsbyen Skibhusene. Fra 1600-tallet var Skibhusene sammen med Stige Odenses havneby. Den lå langt, langt ude på landet - i mange år i det selvstændige Sct. Hans Landsogn. Op gennem 1800-tallet gik udviklingen i sognet i sneglefart, og så sent som i 1895 var der kun 22 gårde og 117 huse i sognet, men der kom skred i udviklingen, og i 1911 var kvarteret forvandlet til en forstad med en stor overvægt af håndværkere og industriarbejdere.
Skibhusene er noget for sig selv. En by i byen. Det har aldrig rigtig følt sig som en del af Odense. Og omvendt har Odense ikke haft noget specielt til overs for Skibhusfolket. Onde tunger kaldte det for Sutskokvarteret på grund af fattigfolkets beklædning - eller Skarntyde Landsogn efter den ukrudts plante, der breder sig i samme hast som nybyggerne derude. Skamtyden er både giftig og ildelugtende. Men den var trods alt noget smukkere end losse pladsen og kulbjergene, som Skibhus kvarteret var belemret med.