A Caldeira é uma laguna que a maré enche e esvazia duas vezes por dia, pondo a descoberto o sapal e os fundos lodosos. É uma área extremamente importante como local de alimentação e repouso para um grande número de aves aquáticas como pilritos, fuselos, garças e mergansos.
Os sapais, típicos dos estuários de climas temperados, suportam teias alimentares complexas e muito variadas, desempenhando importantes funções ao nível da depuração da água e da conservação da biodiversidade.
Na área do pinhal encontram-se as dunas mais antigas de Tróia, cobertas por pinheiro-bravo (Pinus pinaster) e manso (Pinus pinea), e com grande diversidade de plantas como a aroeira (Pistacia lentiscus), o cravo-das-areias (Armeria spp.) e a camarinha (Corema album). Merecem especial destaque os zimbros (Juniperus turbinata e J. navicularis), os líquenes, bem como a Linaria ficalhoana e o Ionopsidium acaule, duas pequenas plantas raras que ocorrem nesta área.
Na embocadura da Caldeira avista-se a Capela de Nossa Senhora do Rosário de Tróia, junto às Ruínas Romanas de Tróia, um Monumento Nacional que vale a pena conhecer.
