A primeira referência escrita relativa a Sepins remonta ao século XII, constando num documento de março 1129 onde se menciona a povoação de Alfora, zona agrícola que se estende pela atual freguesia e limítrofes. A igreja de Sepins foi doada à Sé de Coimbra, em 12 de julho de 1086, pelos fundadores Martinho Iben Atumad e sua mulher Munnia Zulemen, sendo um priorado da apresentação do cabido da Sé de Coimbra.
Do património edificado de Sepins são de referir: a Casa dos Távoras, as ruínas de moinhos de água e de vento, as várias capelas, os cruzeiros. Destaca-se como de elevado interesse patrimonial e Histórico o Retábulo da Igreja que se encontra na lateral da capela-mor deste templo. É um tímpano românico de apreciável valor artístico e patrimonial, com inscrição em que se refere ter sido elaborado no ano de 1118. Representa Cristo em Majestade, sentado sob um arco e ladeado pelos símbolos tradicionais de dois Evangelistas. São ainda de realçar duas pias de água benta manuelinas e algumas esculturas de século XV, com particular destaque a Nossa Senhora com o Menino.