Die SS-Wachtruppe terrorisierte die Häftlinge. Aufgrund von Zuständigkeitsstreitigkeiten zwischen dem preußischem Staat und der SS löste im November 1933 zunächst Polizei und anschließend eine Wachmannschaft der SA die SS ab. Die unmenschliche Behandlung der Häftlinge änderte sich unter der SA-Wachmannschaft nicht. Im April 1934 wurde das Lager als KZ aufgelöst und als Strafgefangenenlager der Justiz weitergeführt. Die Bewachung übernahm eine im Dienst der Justiz stehende SA-Einheit, die später durch Justizbeamte ergänzt wurde.

Die Gefangenen mussten, je nach Jahreszeit, 8 bis 12 Stunden täglich Zwangsarbeit im Moor leisten (Entwässerung, Straßen- und Wegebau, Torfabbau). Nach Kriegsbeginn 1939 wurden sie zunehmend in kriegswichtigen Betrieben und in der Landwirtschaft eingesetzt. Die Verpflegung war schlecht und im Verhältnis zur harten Arbeit nicht ausreichend. Über diese allgemeine Tortur hinaus waren die Gefangenen vielfachen körperlichen und seelischen Misshandlungen durch die Wachmannschaften ausgesetzt. Es kam zu einer nicht bekannten Zahl von Todesfällen und Morden.

Bis Kriegsbeginn waren Menschen inhaftiert, die vom NS-Regime aus politischen, rassistischen, sozialen oder religiösen Gründen verfolgt wurden. Hinzu kam eine weitaus größere Gruppe von Gefangenen, die für kriminelle Delikte verurteilt worden waren. Nach Kriegsbeginn verlegten die Justizbehörden zunehmend auch von Wehrmachtgerichten verurteilte, ehemalige Soldaten in das Lager.

Im Februar 1944 verlegte die Justiz für kurze Zeit ca. 500 bis 600 „Nacht-und-Nebel“-Gefangene, Widerstandskämpfer aus Frankreich, Belgien und den Niederlanden, nach Börgermoor, da das für ihre Aufnahme vorgesehene Lager Esterwegen völlig überfüllt war.

Die Toten des Lagers Börgermoor, deren Zahl aufgrund in der Nachkriegszeit verlorener Unterlagen unbekannt ist, wurden auf dem Lagerfriedhof Börgermoor, heute Begräbnisstätte Esterwegen, beerdigt.