Čataj leží v oblasti Podunajskej nížiny na nive tzv. Vištuckého potoka (ktorého pôvodný názov v stredoveku bol Barzanch), v nadmorskej výške 140 m (stred obce), ktorá v rôznych častiach chotára sa pohybuje od 132 do 147 m. Chotár o rozlohe 1278 ha je rovinatý s nepatrnými pahorkatinnými útvarmi. Väčšia časť chotára ( horná alebo horné pole - dzíle ) sa nachádza v predcelku Trnavskej pahorkatiny a jej okrajovej časti Trnavskej sprašovej tabule. Spodná časť chotára zvaná tiež Šúr spadá geomorfologicky do Malej dunajskej provincie. Čatajský chotár v minulosti, aj v súčasnosti susedí s chotárom obcí Veľký Grob, Reca, Boldog, Igram, Cífer, Pác a Slovenská Nová Ves.