La Orden de Santiago disponía de una red de molinos y aceñas repartidos a lo largo de la ribera del Tajo y servidos por las correspondientes presas. Textos de la época situaban en un principio en El Embocador y el entorno de la presa del Palacio los molinos y aceñas que en el siglo XV eran administrados por Gonzalo Chacón señor de Arroyomolinos y Casarrubios del Monte, comendador y favorito de la reina Isabel I de Castilla. Había tres aceñas asociadas a dos casas: la Trapera a la primera y a la segunda la Sabrosa y la de Enmedio, atendidas por dos presas, de las que la mayor ocuparía idéntico emplazamiento que la actual Presa de Palacio.
Alrededor de 1535 Carlos I inicia la construcción de un sistema de riegos que suministraría agua del Tajo a ambos márgenes de la vega de Aranjuez y pone en manos de su heredero Felipe (posteriormente Felipe II) la misión de velar por el buen desarrollo de las obras. Debe construirse un canal por cada lado del río y la presa del Embocador con la función es la de mantener un nivel de agua constante en el punto del Tajo de donde se surten los canales. Los canales a los que nos referimos son el de Las Aves por la izquierda y La Azuda por la derecha, ambos emblemáticos de la ciudad, tanto desde el punto de vista agrícola como sobre todo cultural y paisajístico.
Su diseño y construcción fue encargada a Francesco Sitoni, pero la difícil hidrografía española le enfrentó a problemas que no supo resolver. Esto hizo necesaria la intervención de Benito de Morales y Juan de Herrera en el proyecto, quienes pusieron de manifiesto los evidentes errores de nivelación. Hecho que les llevó a una abierta confrontación con el italiano. Aunque reparada en varias ocasiones, la presa del Embocador mantiene la configuración del siglo XVI, muy similar a la ya descrita Presa grande de Palacio. Es una presa curva con estructura de pilotaje de maderos y rellenos de piedras, no sirve para regular el caudal y evitar inundaciones, pero el salto de agua que produce fue usado durante muchos años para generar electricidad.
Fuente: Aranjuez en un click