Muy probablemente, la localidad surgió con la toma de Saldaña en el último tercio del siglo IX o principios del X, cuando se repoblaron los páramos situados entre el Carrión y el Pisuerga. Pero, sea como sea, seguramente tras la invasión sarracena de la Península Ibérica pudieron quedar unas pocas gentes habitando esta parte del llamado "desierto estratégico del Duero". Mucho antes, en época romana, ya hubo un establecimiento humano en las próximidades de Villalafuente.
En el Becerro de las Behetrías de Castilla, de 1352, era "Villa Lafuente". Por lo que su significado es “la villa de la fuente”.
A mediados del siglo XIV, Villalafuente era una de las localidades de la merindad de Saldaña. Dos siglos y medio después, en 1591, el pueblo todavía formaba parte de la misma circunscripción, que por entonces ya tenía una extensión mucho menor y una naturaleza jurídico-administrativa muy diferente a la del siglo XIV.
Por entonces, mediado el siglo XIV, y gracias también al Becerro de las Behetrías, sabemos que la localidad era lugar de señorío de D. Juan Alfonso de Alburquerque, a quien pagaba por fonsadera 27 maravedíes. Sus vecinos daban al rey moneda y servicios y no pagaban yantar ni fonsadera.
Según documentación de la parroquia de Villalafuente, en 1508, Fernando II de Aragón, el Católico, estuvo cazando por el entorno de Saldaña y pernoctó en la casa de los Cartagena de esta última localidad.
En 1547, ante la Chancillería de Valladolid, se tramitaron los expedientes de Pedro Herrero y Pedro Pérez, dos vecinos de Villalafuente, en "tierra de Saldaña". Ante este tribunal de apelación, las personas que querían probar su hidalguía iniciaban el proceso respectivo en la Sala de Hijosdalgo.
La iglesia parroquial se levantó en el siglo XVII, y se reformó notablemente en los siglos siguientes, XVIII y XIX.