Bei einem Rätsel-Cache (auch Puzzle-Cache oder Mystery-Cache genannt, bei geocaching.com offiziell Unknown Cache) muss zunächst ein Rätsel gelöst werden, bevor mit der Suche nach dem Final begonnen werden kann. Die im Internet veröffentlichten Koordinaten entsprechen daher nicht den tatsächlichen Angaben, sondern weisen auf einen willkürlichen Punkt, der für die Suche ohne Bedeutung ist und nur der Illustration auf der Landkarte dient. Dieser sollte sich jedoch in der Nähe befinden (maximal drei Kilometer Entfernung), um den Geocache regional richtig zuordnen zu können.
Die Rätsel können sehr unterschiedlicher Art und Schwierigkeit sein (mathematische Rätsel, trigonometrische Aufgaben, Literaturaufgaben, Internet-Recherchen, Sudokus, Bilderrätsel, Entschlüsselungen usw.). Die ermittelten Koordinaten sind entweder das Final selbst (wie beim Traditionellen Geocache) oder der Beginn eines Multi-Caches. %$ "%.&%/ =!§ "%.)&$
Ein Bonuscache ist ein Rätsel-Cache, bei dem die Vorarbeit im Finden eines oder mehrerer anderer Geocaches besteht, bei denen man die Informationen zum Einstieg oder in verschiedenen anderen Geocaches Teile der Finalkoordinaten erhält. Im Gegensatz zu einem regulären Mystery kann er ohne Vorarbeit nach dem Finden der vorgelegten Geocaches gesucht werden. Auch hier weisen die veröffentlichten Koordinaten nur auf einen illustrativen Punkt in der Umgebung.