Ubicado en el eje A2, San Fernando de Henares pertenece al Corredor del Henares, zona industrial considerada “eje de oro de la logística en España”. Se encuentra localizado en la primera corona, lindando con otros municipios del Corredor del Henares, como Torrejón de Ardoz y Coslada.
Algunas de las razones de su importante actividad logística son la buena comunicación con ciudades como Barcelona, Zaragoza y Bilbao; y su cercanía con infraestructuras destacadas, como el Centro de Carga Aérea del Aeropuerto Adolfo Suárez Madrid-Barajas, el Puerto Seco, la Estación de Contenedores de Vicálvaro y el Centro Logístico Intermodal del Este de Madrid.
San Fernando de Henares es uno de los municipios con mayor actividad logística e industrial, donde se ubican destacados polígonos industriales, con algunas naves en alquiler y venta, como: Polígono Industrial la Estación, Polígono Industrial Los Almendrales, Polígono Industrial Las Fronteras de San Fernando de Henares, Polígono Industrial Las Fuentecilla, Polígono Industrial San Fernando III y Parque Industrial La Galeana.