Od XI wieku wieś należała do benedyktynów z Lubinia. Wieś duchowna Górka Mnisza, własność opata benedyktynów w Lubiniu pod koniec XVI wieku leżała w powiecie kościańskim województwa poznańskiego[4].
W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość wzmiankowana jako Górka Duchowna należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kosten rejencji poznańskiej[5]. Górka Duchowna należała do okręgu śmigielskiego tego powiatu i stanowiła siedzibę oddzielnego majątku o tej samej nazwie, który należał wówczas do Bojna[5]. Według spisu urzędowego z 1837 roku Górka Duchowna liczyła 231 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 22 dymy (domostwa)[5].
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Górka Duchowna, po jej zniesieniu w gromadzie Lipno. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa leszczyńskiego.
7 lipca 1957 odbył się we wsi pierwszy zjazd kolekcjonerów i miłośników znaków pocztowych o tematyce religijnej, co było znaczącym wydarzeniem w dziejach polskiej filatelistyki[6].
W 1895 w Górce Duchownej urodził się Tomasz Sobkowiak (zm. 1949), wiceprezydent Leszna, pierwszy powojenny prezydent Zielonej Góry.