Autobusų stotis – Vytauto g. 103, Vilkaviškis.
Iki viduramžių pabaigos miesto apylinkės įėjo į jotvingių genties gyvenamos teritorijos ribas. Gyvenvietė kaip Prienų (Birštono) girios kaimelis XVI a. pradžioje įsikūrė prie Kauno-Prūsijos kelio. 1545 m. karalienė Bona Sforza skyrė stataus miško dalį žydų sinagogai statyti, o 1561 m. karalienė viename rašte, minėdama Paširvinčio (Alvito) parapijos ribas, kalba ir apie Vilkaviškį. Prienų seniūnas Steponas Pacas 1620 m. jame pastatydino pirmąją Vilkaviškio bažnyčią. 1660 m. Jonas Kazimieras suteikė Magdeburgo teises. 1623 m. balandžio 20 d. Zigmanto III Vazos konfirmacinėje privilegijoje sakoma, kad Vilkaviškio bažnyčią pastatė LDK raštininkas, Prienų ir Birštono valdytojas, Birštono girios administratorius Steponas Pacas su žmona Ona Rudaminaite netoli Prūsijos sienos prie kaimelio, vardu Vilkaviškis, kad plistų katalikų tikėjimas, nes ten dar buvo laikomasi pagoniškų papročių. Bažnyčios išlaikymui valdovas paskyrė Šelmų (Szelmy) kaimą su 10 valakų žemės, taip pat Mekšrinio ežerą, patvirtino sklypus bažnyčiai ir klebonijai, taip pat kasmet po 6 grašius iš kiekvienos sodybos. 1791 m. gruodžio 9 d. Stanislovas Augustas atnaujino miesto teises ir patvirtino herbą. 1812 m. birželio 21 d. Vilkaviškį užėmė Napoleono armija, birželio 21 d. Napoleonas Vilkaviškyje paskelbė atsišaukimą, kuriame pirmą kartą Rusiją pavadino priešu, t. y. faktiškai paskelbė karą (B. Dundulis).
Seniūnijos perleidimas
1633 m. birželio 18 d. Vladislovas IV leido Steponui Pacui perleisti Vilkaviškio seniūniją sūnui Kristupui (nors tada jis buvo 12 metų). 1655 m. spalio 13 d. Vilkaviškio girininkiją iš Magnuso de la Gardie visam laikui gavo Jonas Mieženskis (Mierzenski), Jonušo ir Boguslavo Radvilų šalininkas.
Kristupas Pacas buvo Jono Kazimiero šalininkas. 1656 m. rugpjūčio 16 d. tapo pakancleriu, 1658 m. kovo 2 d. kancleriu, buvo vienas iš taikos traktato, Olivoje pasirašyto su švedais 1660 m. gegužės 3 d., kūrėjų. Galimas daiktas, kad pasibaigus karui su švedais, norėdamas greičiau atkurti po karo sunykusį miestelį, Kristupas Pacas 1660 m. iš valdovo Jono Kazimiero išrūpino Magdeburgo teisių privilegiją.
1674 m. Vilkaviškio administratoriumi tapo Steponas Pranciškus Medekša. 1680 m. spalio 14 d. S. P. Medekša buvo įvestas į 4 namus Vilkaviškyje, pirktus iš įvairių asmenų. 1684 m. sausio 17 d. Vilkaviškio magistratas sutiko nesikišti į S. P. Medekšos sklypą Virbalio gatvėje. 1685 m. sausio 11 d. Jonas III Sobieskis, tarpininkaujant Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kancleriui ir Vilkaviškio seniūnui Kristupui Pacui, patvirtino 4 namus su sklypais Kauno žemės teismo pateisėjui S. P. Medekšai ir juos išlaisvino nuo kariuomenės apsistojimo. Juose jam buvo leista laikyti neapmokestinamas smukles ir bravorus, statyboms ir kurui naudotis Vilkaviškio giria.
Tą pačią dieną tuometinio Vilkaviškio seniūnijos administratoriaus ir valdovo stalo dvaro Alytaus viceekonomo S. P. Medekšos buvo surašyti ir valsčiaus nuostatai, kuriuos jau po seniūno K. Paco mirties, 1685 m. vasario 14 d. patvirtino Jonas III Sobieskis. Deja, patys nuostatai į Lietuvos Metriką neįrašyti, yra tik tų nuostatų patvirtinimas. S. P. Medekšai buvo išduoti 4 išrašai, kurie netrukus, 1686 m. sausio 22 d., buvo įrašyti į Kauno žemės teismo knygas.
1679 m. balandžio 7 d. Jonas III Sobieskis, Ponų Tarybai tarpininkaujant ir Vilkaviškio žydų vardu prašant atstovams Markui Hercikovičiui ir Bernotui Jakubovičiui, žydams išdavė privilegiją, kurioje sakoma, kad naujai apgyvendinamame (vadinasi, Vilkaviškiui neseniai buvo suteiktos miesto teisės) Kauno pavieto Vilkaviškio mieste, įkurtame Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kanclerio Kristupo Paco jo tuo metu valdomoje Vilkaviškio seniūnijoje, yra apsigyvenę nemažai žydų, kurie vadovaujasi 1645 m. gruodžio 31 d. Vladislovo IV privilegija visiems LDK žydams bei Jono Kazimiero 1648 m. vasario 17 d. karūnavimo seime patvirtinta privilegija.
XIX–XX a. miesto turgaus aikštė buvo apstatyta gausiausio Vilkaviškio miesto gyventojų sluoksnio – žydų (prekybininkų, amatininkų, bankininkų, pačių veikliausių miestiečių) – gyvenamaisiais namais, parduotuvėmis, šventyklomis, netoli aikštės stovėjo viena seniausių ir gražiausių Lietuvoje medinių sinagogų, statyta daugiau kaip prieš 400 metų. 1861 m. nutiestas geležinkelis Kaunas–Virbalis. XIX a. Vilkaviškyje kasmet vykdavo 5 dideli prekymečiai. Tuo metu miestas buvo apskrities centras Suvalkų gubernijoje.[7]
1932 m. Vilkaviškiui suteiktos II eilės, 1935 m. – I eilės miesto teisės.
1940 m. birželio 15 d. okupavę Lietuvą rusai Vilkaviškyje nacionalizavo privačias ligonines, fabrikėlius, dirbtuves, knygynus ir kitas įmones. Uždarytas Vilkaviškio dvaras. Vilkaviškis, kaip pasienio miestas, buvo prikimštas rusų kariuomenės. 1941 m. birželio 13–15 d. gyvuliniuose vagonuose iš Vilkaviškio apskrities į Sibirą buvo išvežta 569 žmonės.
1941 m. birželio 22 d. 7 valandą ryte vokiečių kariuomenės lėktuvai bombardavo miestą. Apie 11 val. mieste pasirodė pirmieji vokiečių kariai. Jie užėmė įstaigas, į nelaisvę paėmė visus uniformuotus tarnautojus. 1944 m., traukiantis vokiečiams, Vilkaviškyje vyko nuožmūs mūšiai. Liepos 31 d. į miestą ėmė veržtis tarybiniai tankai. Miestas keletą kartų ėjo iš rankų į rankas, galiausiai rugpjūčio 2 d. į Vilkaviškį įžengė 3-ojo Baltarusijos fronto kariuomenė.
Karas kraupiai nusiaubė Vilkaviškį, miestas buvo virtęs griuvėsiais. Iki karo mieste buvo 800 namų, o 1944 metais buvo likę tik 48 nenukentėję pastatai. Po karo iš apskrities (vėliau – rajono ) į tremtį buvo išvežta: 1948 m. – 1205, 1949 m. – 613, 1951 m. – 463 gyventojai.
1946 m. rugpjūčio 3 d. Vilkaviškis tapo apskrities pavaldumo miestu. Sovietmečiu pastatyti siuvimo, konservų fabrikai, „Pasagos“ metalo dirbinių gamykla.
1996 m. patvirtintas dabartinis Vilkaviškio herbas .