Bysina należała do parafii myślenickiej. Chociaż zamiar zbudowania w tej wsi kaplicy pojawił się już pod koniec lat 20. XX wieku, jednak z różnych przyczyn realne próby podjęto dopiero w latach 60. Jednak wówczas nie uzyskano zgody władz terytorialnych na budowę. Temat powrócił w latach 80., kiedy to powstał Komitet Budowy Domu Katechetycznego pod przewodnictwem Stanisława Ziembli, a następnie Stanisława Mitany. Uzyskano zezwolenie i w krótkim czasie wybudowano obiekt.
W domu katechetycznym ustawiono ołtarz, a w 1988 r. ks. kardynał Franciszek Macharski poświęcił dom – już jako kaplicę. W niedzielę do Bysiny przyjeżdżali księża z parafii w Myślenicach i odprawiali w tej kaplicy Mszę św. W 1990 r. ks. proboszcz Edward Baniak wystąpił do Kurii Metropolitalnej z prośbą o przydzielenie księdza do tej części parafii. W odpowiedzi na tę prośbę do Bysiny przyjechał ks. Jan Borzęcki z zadaniem utworzenia osobnej parafii. Została ona erygowana 24 listopada 1993 r.
W następnych latach wspólnym staraniem społeczności wiernych i ich duszpasterza dobudowano prezbiterium i wieżę kościelną oraz wykonano wiele prac wykończeniowych we wnętrzu budynku. Ks. Jan Borzęcki pełnił funkcję proboszcza do 2016 roku, a następnie pozostał w parafii jako emeryt i tu zmarł we wrześniu 2025 r.