Der Bahnhof Jena West wurde zwischen 1876 und 1878 von der Weimar-Geraer Eisenbahn-Gesellschaft erbaut. Das Gebäude steht weitgehend in seiner ursprünglichen Form, mit baulichen Änderungen 1908 (neuer Mittelbau) und 1981 (Aufsichtsgebäude).
Wegen schwieriger Streckenverhältnisse wurden anfangs Züge nachgeschoben, wofür ein zweiständiger Lokschuppen mit Unterkunft errichtet wurde. Dazu kamen Wasserstation, Güterschuppen, Laderampe, Gleiswaage und andere Anlagen. Der Lokschuppen wurde 1926 stillgelegt und später u. a. als Sporthalle und heute vom Kulturclub Kassablanca genutzt.
Bis 1963 war der Bahnhof an die Straßenbahnlinie 3 angeschlossen, danach übernahmen Busse und Fernbuslinien den Verkehr. Nach der Wende wurden viele Gleise und Weichen entfernt; heute gibt es nur noch zwei Durchgangsgleise und keinen Güterverkehr mehr.
Um 2000 wurde das Empfangsgebäude renoviert und von Einzelhändlern und Imbissen genutzt. 2006 folgte eine Modernisierung der Bahnsteige. Die alten Stellwerke wurden 2002 außer Betrieb genommen.
Im Rahmen des Ausbaus der Mitte-Deutschland-Verbindung wurde eine Verkürzung der Bahnsteige zunächst geplant, 2013 aber vom Eisenbahnbundesamt abgelehnt. Stattdessen wurden sie 2019 verlängert. Nach einer Sperrung wurde der Bahnhof 2016 modernisiert wiedereröffnet.
Heute beherbergt das Gebäude Geschäfte, Gastronomie, einen Friseur, ein Pressegeschäft, einen Fahrkartenverkauf und im Obergeschoss einen Coworking-Bereich für die IT-Branche.
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