Apen liegt in der zur Oldenburger Geest gehörenden naturräumlichen Einheit des Aper Geestrandes und bildet den Übergang von der Parklandschaft Ammerland in das ostfriesische Fehngebiet. Die Gemeinde befindet sich im Zuflussgebiet der Ems und noch im tideabhängigen Bereich; der Höhenunterschied zwischen Ebbe und Flut beträgt knapp einen Meter.
Die Landschaft der Gemeinde wird geprägt von kleinen geschwungenen Wasserläufen und schnurgeraden Kanälen, Fehnbrücken, grünen Deichen, historischen Wallhecken sowie dem einzigartigen Süßwasserwatt des Nordwestens. Durch die Nähe zur Nordsee herrscht ein ganzjährig gemäßigtes maritimes Klima. Der 1840 zur Entwässerung des Moores und als zukünftiger Transportweg für die Industrialisierung begonnene Augustfehn-Kanal ist heute nicht mehr schiffbar.
