Weferlingen liegt an der Aller und am Nordostrand des Lappwalds. Es ist ein Nachbarort von Grasleben im niedersächsischen Landkreis Helmstedt. Weitere sachsen-anhaltische Nachbarorte sind Seggerde, Siestedt, Döhren, Walbeck, Hödingen und Eschenrode.
Etwa anderthalb Kilometer vom Ortskern, gut 500 Meter vom Bebauungsrand, lag westlich Richtung Grasleben seit 1945 die Zonengrenze zwischen sowjetischer und britischer Besatzungszone bzw. seit 1949 die innerdeutsche Grenze.