L'histoire de Saint-Flavien, dans la MRC de Lotbinière, débute vers 1750-1800 avec le défrichement de la « Côte St-Joseph » par des colons de Sainte-Croix et Saint-Antoine. Fondée en 1834, la paroisse s'est développée au XIXe siècle grâce à l'agriculture. La municipalité a été créée en 1912 et a fusionné en 1999.