Seit 1901 hat Groß Schönebeck einen Bahnhof. Als Endbahnhof der Bahnstrecke Reinickendorf-Liebenwalde-Groß Schönebeck, der Heidekrautbahn, ist er ein Kopfbahnhof. Seit dem 21. Jahrhundert fährt hier die Regionalbahn RB 27, betrieben von der NEB nach Berlin-Karow (Kursbuchnummer 209.27). 1939 war der Bahnhof Kulisse für den Spielfilm Salonwagen E 417, in dem er den Bahnhof „Dingskirchen“ darstellt.