Kościół ten, początkiem sięgający przełomu XII i XIII wieku, po zniszczeniu przez Krzyżaków w 1431 r., całkowicie przebudowano. Także późniejsze, ale nie zawsze szczęśliwie prowadzone przebudowy poważnie zniekształciły sylwetkę świątyni.Obecnie jest on późnogotycką budowlą halową, charakterystyczną dla kościołów farnych w Wielkopolsce i na Pomorzu.
W kościele św. Mikołaja 10 lutego 1321 roku ogłoszono przez arcybiskupa gnieźnieńskiego Janisława w imieniu papieża Jana XXII wyrok komisji papieskiej skazujący Zakon Krzyżacki na zwrócenie Polsce Pomorza Gdańskiego i 30 tysięcy grzywien oraz zapłacenie kosztów procesu. W tymże kościele królowa Jadwiga w 1397 r. przepowiedziała Krzyżakom klęskę pod Grunwaldem.
Wnętrze kościoła jest wyposażone w barokowe i rokokowe sprzęty, zebrane z nie istniejących od dawna kościołów inowrocławskich. Najwicej przeniesiono ich z opuszczonego wskutek kasacji konwentu Minorytów kościoła św. Franciszka, ale zapewne można by tu odnaleźć częćci ołtarzy z Kościołów św. Krzyża, św Ducha i św. Jakuba, stojących jeszcze w XVIII stuleciu na przedmieściach Inowrocławia.
Stare wyposażenie kociołów inowrocławskich niemal całkowicie przepadło w XIX w., kiedy po klęskach ubiegłego stulecia, wszystkie kościoły były zrujnowane i w żadnym nie odprawiano nabożeństw. Dlatego, nawet nie najlepszej klasy wystrój wnętrza kościoła św. Mikołaja należy chronić, bo jest on jakby "zbiorową pamięcią" całej sztuki sakralnej dawnego Inowrocławia.
Kościół św. Mikołaja po restauracji 1780 r. Stan ok. 1840 r. wg rys. K. W. Kielisińskiego
