O Paço Real ocupa todo o andar nobre do edifício de Mafra e os dois torreões, sendo o do Norte destinado a Palácio do Rei e o do Sul à Rainha, ligados por uma longa galeria de 232 m – o maior corredor palaciano na Europa – usada para o “passeio” da corte, tão ao gosto do séc. XVIII. Aqui se esperavam as audiências reais, se exibiam as joias e os vestidos ou se teciam as intrigas políticas e amorosas...
O Palácio do Rei e o da Rainha funcionavam separadamente, cada um com as suas cozinhas na cave, as despensas e ucharias no piso térreo, os quartos dos Camaristas ou das Damas no 1º piso, os aposentos reais no piso nobre e os criados nos mezaninos (sótãos).
Para os príncipes estava destinado um palacete na extremidade Nordeste do edifício e para as princesas outro a Sudeste. Ambos funcionavam também separadamente.
Primitivamente decorado com tapeçarias flamengas, tapetes orientais e mobiliário para aqui encomendado, o Paço irá sofrer uma profunda modificação na época de D. João VI que encomenda uma campanha de decoração mural em várias salas, sob a responsabilidade de Cyrillo Volkmar Machado. Muitas dessas tapeçarias, quadros e mobiliário serão levadas pela Família Real para o Brasil em 1807, de onde não regressaram.
Esta organização dos espaços manteve-se até à morte de D. Fernando de Saxe-Coburgo, marido da rainha D. Maria II, quando toda a Família Real passou a habitar apenas o torreão e a ala sul, ficando o torreão norte reservado a hóspedes importantes que visitavam Mafra.
A ala sul foi sofrendo algumas obras pontuais e de decoração, nomeadamente quando do casamento de D. Pedro V e D. Estefânia de Hohenzollern-Sigmaringen, no reinado de D. Luís e D. Maria Pia de Sabóia e de D. Carlos e D. Amélia de Orleães.
Foi também no torreão sul, que D. Manuel II passou a última noite no reino, de 4 para 5 de Outubro de 1910, antes de partir para o exílio.