Les origines de Saint-Apollinaire remontent à l'aube du premier millénaire, moment où les villages de la Gaule romanisée se voient attribuer des noms évoquant leur toponymie. Le sous-sol du site étant riche en eau (présence de nombreuses fontaines: Bouchet, Gauthier, Soyer), le lieu prend le nom de "Aqualiacus" issu du Latin "aqua locus".
Le bourg trouve un second souffle au VI° siècle. Clotilde, la première reine catholique de France, épouse de Clovis, fait ériger une petite église pour commémorer la victoire de son guerrier de mari, à Dijon; sur les Burgondes en l’an 500. Clotilde place l’édifice royal sous le vocale d’Apollinaire.
Le nom de Saint-Apollinaire n’apparait pas avant l’An Mille, moment où le bourg appartient à l’abbaye de St-Bénigne. Il semble que l’église ait été bâtie à l’emplacement d’un ancien temple païen (les habitants tenaient pour miraculeuses les eaux de son puits).
Les moines de l’abbaye de St-Bénigne christianisent peu à peu les pratiques populaires en faisant invoquer St Apollinaire lors des bains salvateurs pratiqués par les malades. Puis ils rédigent « le livre des Miracles de Saint-Apollinaire » entre 1000 et 1028 pour promouvoir le culte de St Apollinaire. C’est ainsi que la paroisse s’est appelée du nom de ce saint.
Au XIV° Siècle, le nom de la ville se prononce « Saint Apoloner » ou « Saint Espoloney », au XIX°, dans le patois local « Saint Epleuney », et ses habitants les « Epleumiens ». Sous la révolution, St Apollinaire, nom chrétien, s’est appelé Fontaine Soyer.
Le Moyen-Age finissant, la bourgeoisie urbaine investit aux alentours de la capitale ducale. Pour se protéger, St-Bénigne marque son territoire : St-Apollinaire est entouré de bornes délimitant les possessions de l’abbaye. Mais l’attraction de Dijon est trop importante, créant des relations économiques durables avec le bourg.
Dans ce contexte apparaissent les Tabourot, riche famille qui s’installe au château « La Motte fossoyée », pour près de deux siècles (1550-1731). Guillaume, le premier du nom, s’installe dans la tour qu’il agrémente, signe extérieur de richesse, d’un pigeonnier.
Au XIX°, le château devient propriété de Monsieur Champi, antiquaire de Dijon, à qui l’on doit sans doute l’inscription dans la salle des mariages « Fay bien et laisse Dire »
En 1931, l’ancien château et la Tour furent rachetés par la commune. Ils sont devenus le siège de l’Hôtel de Ville.