En 1859, elle
s'installe à By, coteau viticole de la commune de Thomery en
Seine-et-Marne, où elle installe son atelier et aménage des espaces
pour ses animaux.
Elle décède le 25 mai 1899
au château de By et est inhumée au cimetière du Père-Lachaise
(division 74).
Homosexuelle, elle a vécu deux passions. L'une pour Nathalie Micas,
rencontrée en 1837 (Rosa avait quatorze ans et Nathalie douze), qui
deviendra peintre comme elle et dont elle ne sera séparée qu'à sa
mort en 1889 ; l'autre, après le décès de Nathalie Micas, pour une
Américaine, Anna Klumpke, également peintre, avec qui elle vivra
dix ans, jusqu'à sa mort, et qui sera sa légataire
universelle.
Paradoxalement, la vie excentrique que menait Rosa Bonheur n'a pas
fait scandale à une époque pourtant très soucieuse des conventions.
Pour l'anecdote, Rosa Bonheur dut cependant réclamer aux autorités
policières l'autorisation de s'habiller en homme, ou plus
précisément, de porter des pantalons pour fréquenter les foires aux
bestiaux (autorisation de travestissement, renouvelable tous les
six mois auprès de la préfecture de Paris).
De nos jours, l'atelier de Rosa Bonheur est ouvert au
public dans le musée-château de By.